称呼之辩
历史上除了曹操外，十六国时期冉闵，姚襄等也都有“魏武王”的称号 。而考古单位对八件刻有“魏武王”铭文的石碑却只是指向曹操，其做法也受到一些民众的质疑；有学者怀疑，曹操葬礼由曹丕主持，时曹丕继为魏王，应不会直称父亲为“魏武王”，而只称作“武王”；就算要使用全名，也应该用“汉魏武王”而不是“魏武王”；学者以此判断发现之陵墓“不为”曹操墓 。
遗骨之惑
河南发掘点并没有享寿七十岁的曹操妻子卞皇后遗骨，证明此墓并非曹操墓 。卞皇后太和四年去世，与曹操合葬高陵，卞皇后二十岁嫁曹操，是曹丕生母，曹丕享寿四十岁，卞皇后此时就已经超过六十岁，之后到太和四年去世，享寿七十岁 。另外文献记载曹操墓中有迁葬来的曹冲遗骨，但是实际考古发现也与此不符 。另外，还有的学者提出，同时期的帝王墓，王后都是在墓主的东南方向另起一墓，如果这个曹操墓的东南方向附近没有发现卞皇后墓，则“可以肯定”不是曹操墓 。但是据清人丁晏《曹集铨评》增辑的《仓舒诔》序文：“建安十二年五月甲戌，童子曹仓舒卒，乃作诔曰”，“建安十二年”为207年，“五月甲戌”为汉历五月十四日，即儒略历6月23日 。诔文言“十三而卒”，以此回推生年，当在东汉兴平二年，即195年，而曹操去世是在220年，因此断言曹操墓为假并不可靠 。
玺印之疑
根据《晋书·礼志》，曹丕于曹操墓的墓道筑了一个石室，放了金玺 。河南发掘点不但没有金玺，连藏玺的石室都没有，证明此墓并非曹操墓 。曹操遗令“金珥珠玉铜铁之物，一不得送”，而安阳曹操墓考古发掘也证明曹操墓为薄葬，与历史记载符合 。此外根据已公布的此墓考古报告，墓内发现一铜质印章，上边的篆体文字有网友猜测为“奂”字，后经过专家考证，可能为“氶（丞）”或“帝”字 。
造假之嫌
学者闫沛东向媒体明确指出曹操墓考古队队长参与造假，因为考古队获得安阳方面230万元挖掘资金后挖出空墓难以向对方交差 。对此，曹操墓地考古队队长、河南省考古研究所副研究员潘伟斌在接受采访时表示，一切等闫沛东公布证据后再作答复 。但闫沛东在2011年12月被河北警方确认为逃犯，真实姓名为胡泽军 。警方发现胡泽军还冒用多个姓名，涉嫌多起诈骗案件，其学者身份更是假冒，整个过程就是闹剧 。
猪圈问题
西高穴二号墓出土了陶猪圈，因此“要么不是曹操墓，要么曹操是个养猪的” 。普通民众或许很容易被这种解释误导 。实际上这种解释缺乏常识 。
随葬陶圈厕是汉魏时期流行的习俗，大量墓葬均出土陶圈厕，现已发掘的7座东汉诸侯王墓，6座都出土陶圈厕 。2005年南京上坊东吴墓也是帝王级别，年代略晚于曹操墓，同样出土了陶圈厕 。

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