康熙在平叛三藩之亂后 ， 便將目光投向了孤懸海外的臺灣 ， 一心要建立大一統的王朝 。 在大學士李光地和福建總督姚啟圣的推薦下 ， 施瑯終得重用被任命為福建水師提督 ， 統轄數萬水師官兵 。 應該說 ， 康熙的這個任命是正確的 ， 施瑯本人具備很強的軍事天賦 ， 尤其對臺灣的軍事和部署了如指掌 。 況且他與鄭氏有不共戴天之仇 ， 用他為主將攻臺 ， 也是最合適的人選 。

經過數年的準備 ， 康熙二十二年（1683年） ， 施瑯率水師收復臺灣 ， 此舉即報了皇恩又雪了家仇 。 康熙帝因功封施瑯為靖海侯 ， 并讓他留在臺灣治理地方 。 讓人意想不到的是 ， 這一次康熙確實是看走了眼 ， 施瑯這位縱橫四海的水師統帥對臺灣的治理簡直一塌糊涂 ， 根本不具備行政能力 。