這樣秦瓊投靠李唐 ， 最終成為了李世民手下的右三統軍 。 在李世民的手下 ， 秦瓊同樣立下了赫赫戰功 ， 著名的尉遲敬德就是被秦瓊擊敗并最終投靠李世民的 。

史書上說：秦瓊隨李世民 ， 討伐王世充、竇建德、劉黑闥 ， 每戰身先鏖戰 ， 前無堅對 。 每當對手陣營中有驍將銳士震爍出入以夸眾者 ， 秦王則名叔寶往取之 ， 躍馬挺槍刺于萬眾中 ， 莫不如志 。

在太子李建成和齊王李元吉心目中 ， 秦瓊是奪取帝位的最大威脅之一 。 李建成曾想方設法的要把秦叔寶調離秦王府 ， 李元吉更明白地說 ， 一旦能殺了李世民 ， 第一個要殺的就是秦瓊 。 就是這樣一個文武雙全 ， 勇冠三軍 ， 令人敬畏的人物 ， 為什么在對于李世民最重要的一場戰爭中 ， 史書中卻沒有記錄他任何勇武過人的事跡 。