由于沈兼士生性刚烈，每谈国事，不顾场合，必痛詈敌伪而后快，以此深为敌伪所忌 。特务跟踪之外，又在辅仁大学国文系派了几名日本特务，以监视他的言行 。这些日本特务，考入学校时用的是中国人的姓名，每人说一日流利的中国话，只是后来才渐渐被人知道他们是日本人 。毕业时，国文系毕业生宴请全系教师，这几个日本学生鱼贯地向教师们逐一敬酒，惟独不敬沈兼士先生 。沈兼士对同仁和家人说：“敌我分明，好得很 。这也算是我们教书的一项成绩吧，至少教会他们先别敌我再论师生嘛 。”
1937年，北平沦陷后不久，沈兼士、张怀、董洗凡、英千里等几位辅仁大学教授秘密组织“炎社”（纪念顾炎武的社团），借研究明末清初具有民族气节的学者顾炎武学说为名，激发师生爱国、爱民、不附逆、不投降的热情，以人心不死、国家不亡相号召，鼓舞师生奋发图强，刻苦求学，积蓄力量，以待来日报效国家 。他们邀请北京文教界爱国人士参加，辅仁大学的师生率先纷纷加入 。为团结更多的爱国人士，1939年夏，“炎社”扩大组织为“华北文化教育协会”，简称“华北文教协会” 。协会实行委员会制，沈兼士为主任委员，张怀为书记长，张怀、英千里、董洗凡、徐侍峰以及北京大学法学院的牛继昌等人为委员 。会员发展很快，当时的北平各大学以及一些规模较大的文化机关，如故宫博物院、北京图书馆等，都设有华北文教协会支部，后来还在开封、济南、太原等地设有分会，在北京总会的领导下组织各种抗日活动 。
“华北文教协会”秘密进行的各种抗日工作主要有：一、在课内外向学生宣传不畏强暴、不受利诱、不向敌人投降等民族意识和爱国思想；二、教育青年学生刻苦学习，积蓄力量，以待时机，报效国家，通过秘密渠道向后方输送愿做抗日工作的助教和青年学生；三、组织各种抗日斗争活动；四、出版各种抗日书刊，鼓舞人民抗日斗志，如组织人力将夜间偷听记录下来的重庆电台的抗战新闻油印出来，是为《时事简报》 。在当时敌伪军警宪特严密监视高校知识分子的情况下，有胆小的怕遭逮捕，身上不敢携带《时事简报》出校门，只有沈兼士自愿随身携带好几份报纸，传递散发到社会上；五、为保护失业知识分子的节操，经济上救助知识分子 。“文协”领导英千里和董洗凡从大后方筹得一笔款项，编辑出版《辛巳文录》，鼓励他们写文章编辑成论文集，给他们发放稿费，维持生活 。他们和辅仁大学的领导陈垣、张怀商量，在辅仁大学经费极为窘迫的情况下，聘请了一些知识分子到辅仁大学兼课，如唐兰、梁启雄、张子高、缪金源、褚圣麟、徐献瑜等先生，每周2至3小时，每月送40至60元课时费，补助其生活 。为帮助辅仁大学的贫困生，1940年沈兼士成立了“陈援庵奖学基金”，约请京剧艺术家郝寿臣义演，筹备了3000大洋，每年定息奖给学习成绩优良的贫困生；六、举办辅仁工友夜塾，开启民智，并呼吁辅仁大学各系学生到夜校任教，教工友们读书认字、学英语、打算盘 。
当时日本宪兵队和伪警察局派了不少间谍特务到辅仁大学，在他们的秘密监视下进行抗日工作相当不易，随时都有被逮捕的危险 。1942年12月，辅仁大学秘书长英千里、训导长伏开鹏等多位同仁，因从事抗日活动先后被捕，英千里等不屈不挠，后经营救被释放 。1944年2月至3月间，日本为做侵略中国的最后挣扎，大规模搜捕抗日组织和工作人员 。1944年3月，日本宪兵队逮捕了英千里，并从他家里抄出“华北文教协会”主要会员名单 。20日后，校内外“华北文教协会”的骨干几乎全部被捕，如校内的师生张怀、董洗凡、徐侍峰、欧阳湘、赵锡禹、左宗伦、郑国栋、左明彻、孙硕人、朱锦章、葛信益、赵光贤、叶德禄、高婴齐、吴师循、李凤楼、秦晋、孙金铭等30多人被捕 。经过4个多月的关押审讯后，日寇华北军事法庭将“华北文教协会”主要负责人张怀、英千里、董洗凡、英纯良等分别判处15年监禁，其余人员分别判处7年、5年、3年、2年不等的徒刑 。他们在日寇监狱里关押了一年多，受尽各种酷刑折磨，落下不同程度的终身残疾 。但他们始终没有屈服，直到1945年7月15日，日本无条件投降前夕，才获得自由 。沈兼士和陈垣、英千里、孙金铭等师生在非常险恶的环境里，将生死置之度外，勇于发扬舍生取义的传统美德和爱国主义精神，保持民族气节 。辅仁大学因此赢得“抗日大本营”的美誉 。

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