因为疾病症状不存在特异性 ， 且症状与多种病毒上呼吸疾病类似 ， 所以不考虑病史及临床症状诊断 。

可以使用这三种方式来诊断：

PCR（聚合酶链式反应 ， 建议使用）：诊断衣原体感染 ， 一般都使用PCR 。 因为PCR相比其他诊断方式来讲比较快捷 ， 而且具有很高的特异性及灵敏度 。 测试样品可使用棉拭子从结膜囊中采集 。

注：在慢性病例或症状轻微的病例需要采集双眼样品 。

病原分离（不建议使用）：细胞培养可诊断衣原体感染 ， 但因技术需求高、时间长、花钱多 ， 不建议使用 。 一般都是PCR诊断 。

血清检测（不建议使用）：未免疫接种的猫的抗体检查可证实诊断 ， 抗体效价低一般为衣原体感染阴性 。 但该方法的缺点是只能诊断出是否为衣原体携带者 ， 无法确诊目前是否发生衣原体感染 。