在主要的起义中心相继沦陷后 ， 从1858年4月起 ， 起义转入游击战阶段 。 从各沦陷城市撤出的队伍加上原来分散在农村的起义力量大约仍有12万人 。 殖民者既要用大量兵力保住大城市和交通线 ， 又要派出流动部队去一个个进攻游击队的堡垒 ， 实在是大伤脑筋 。 为此 ， 一方面英军增兵到11万 ， 并纠集了多达31万的土著部队（包括尼泊尔廓尔喀人） ， 另一方面 ， 英国统治者在军事进攻的同时 ， 还大力开展政治攻势 ， 拉拢参加起义的封建主 ， 从内部彻底瓦解起义势力 。 1858年11月1日英国维多利亚女王在《告印度王公及印度百姓书》中宣布:“印度人认领养子的习惯将被认为是正当的 ， 养子可以继承其父的财产和地位；任何宗教信仰和宗教习俗不会受到任何干涉……此后不再剥夺印度王公的封邑以及他们的任何权利 。 ”这是釜底抽薪的手段（而且英国人实现了诺言 ， 从 1858 年到 1947 年英国撤离次大陆的 90 年时间里没有一个土邦因继承人或其他原因被取消或被兼并） ， 许多受封王公认为起义目的已经达到 ， 纷纷缴械投降 ， 使少数坚定的起义领袖难有作为 。 局势变得越来越困难 ， 1859年初流亡尼泊尔的印度起义者竟多达6万余人 ， 随着1859年4月最后一股起义军在中印度被镇压 ， 局势基本稳定了下来 ， 历时两年的大起义结束了 。