1923年冬 ， 湖南军界耆宿程潜就任广东孙中山大元帅府大本营的军政部部长 ， 办了军政教导团军士连 。 邓文仪怀着外出闯一闯的想法 ， 慕名来到了醴陵老乡办起的军士连 ， 当了一名学兵 。 1924年9月 ， 邓文仪等人趁着程潜去了韶关之际 ， 见黄埔军校比军士连好 ， 开小差报考黄埔军校 ， 被录取编入第一期学习 。

几天后 ， 程潜赶回广东 ， 小同乡邓文仪等人已经另投他主 。

在黄埔军校 ， 邓文仪是孙文主义学会的骨干分子 ， 也是打架高手 ， 每逢与其他同学政见不同 ， 他就一拳擂出 ， “打”字第一 ， 多次将人打伤 ， 自己也多次负伤 。 但是 ， 他却因此得到校长蒋介石的赏识 。

1926年6月10日 ， 邓文仪奉蒋介石之命主持黄埔军校特别党部执监委员会 ， 进行“清党” 。 结果 ， 他在不到一年中 ， 和会计文广岛联手 ， 贪污教材印刷费一万多元 。 事情败露后 ， 于1927年l0日被蒋介石怒而撤职 。