但研究人员认为，长期坚持生酮饮食是一个挑战，因为食物的选择有限，但不良反应却很常见 。因此，长期遵循这种饮食存在潜在的健康风险 。有观点认为，生酮饮食导致体重减轻可能是由于食欲下降，但一项研究显示，低脂素食饮食比生酮饮食能更好的抑制食欲 。
 
在2型糖尿病管理方面，生酮饮食由于在短期内抑制了食欲，因此促进了减肥、降低了血糖和糖化血红蛋白（HbA1c） 。一些研究还显示它改善了胰岛素敏感性 。
 
然而，最近一项荟萃分析表明，通过限制碳水化合物饮食实现的HbA1c降低通常会在几个月后减弱，而且这种饮食并不比其他饮食策略更有效 。
 
还有研究发现，低碳水饮食、高含量的动物蛋白和脂肪会增加男性2型糖尿病风险，并且比其他饮食高出37%；而那些在低碳水饮食中强调植物蛋白和脂肪的人并没有增加风险 。与降低患糖尿病风险相关的食物始终都包括水果、蔬菜、豆类和全谷物食品 。
 
在流行病学研究中，高饱和脂肪、反式脂肪、单糖和动物蛋白（特别是来自红肉和加工肉）的饮食和低膳食纤维会大幅增加非酒精性脂肪性肝病的风险 。过多的脂肪储存在肝细胞中，会导致脂肪变性，并发展为非酒精性脂肪性肝炎并增加患肝细胞癌的风险 。
 
上述这些因素也同样适用于增加癌症和阿尔兹海默症的风险 。
 
研究人员表示，生酮饮食对孕妇和那些希望生孩子的人也特别危险 。因为研究发现，低碳水饮食与婴儿神经管缺陷的高风险有关 。即使母亲在怀孕期间服用叶酸，这种风险仍会增加 。
 
生酮饮食的最大潜在风险之一是肾结石的形成，这一发现在儿科癫痫文献中经常被提及 。而且，高蛋白生酮饮食还会加速肾病患者的肾衰竭 。
 
此外，研究人员指出，生酮饮食通常被认为是治疗心脏病甚至癌症的潜在方法 。然而，尽管一些研究发现它可能会饿死癌细胞，但新的研究发现，限制碳水化合物实际上会使人的饮食倾向于更多的致癌食物 。
 
Crosby解释说：“除了对肾病患者和孕妇有重大风险外，生酮饮食对其他人也有风险，因为这些饮食会增加低密度脂蛋白胆固醇（LDL）即‘坏胆固醇’水平，从而增加整体慢性病的风险 。虽然生酮可以在短期内减轻体重，但这种方法并不比其他减肥饮食更有效 。”
 
但研究人员也确实发现了生酮饮食的好处，因为它可能会降低一些耐药癫痫患者的癫痫发作频率 。
 
研究人员表示，目前关于生酮饮食缺乏长期和大规模的研究 。因此，基于现有的证据来看，对于大多数人而言，生酮饮食的风险显然是大于收益的 。

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