此事发生后的第二天 ， 奚效方远走江南 ， 从此不知所终 。 刘德润也逃到梁山附近一个偏僻村庄躲藏起来 ， 再未敢出来 ， 低调过完一生 。 奚老五远走北京 ， 后来在保定聚众抢劫钱庄时被捕 ， 被斩首示众 。      

两名德国传教士被杀 ， 让清廷震惊 ， 这必将生出无数外交纠纷 。 山东地方高官云集巨野 ， 一名官员指着许廷瑞的鼻子咆哮：“在你任内 ， 出此巨案 ， 若不破案 ， 要你驴头 。 ”     

在巨大的压力下 ， 许廷瑞几近疯狂 ， 四处捕人 ， 大约有五十人被抓了起来 。 这些人一部分被释放 ， 一部分被严刑拷打致死 ， 其他一些则在监狱中死于传染病 。 其中的七人被指控有罪 ， 其中惠二哑巴、雷协身二人被指控为主犯 ， 判斩立决 。 另外五人被判无期 。 被杀者的头被涂黑了 ， 在城门上挂了几个星期 。