世卫组织和东南亚国家的多项研究表明 ， 在柬埔寨、泰国、缅甸、越南等大湄公河次区域国家 ， 对疟疾感染者采用青蒿素联合疗法（“青蒿素药物”联合“其他抗疟配方药”疗法）的三天周期治疗过程中 ， 疟原虫清除速度出现缓慢迹象 ， 并产生对青蒿素的抗药性 。

　　“青蒿素联合疗法是目前世卫组织大力推广的一线抗疟疗法 ， 是当前全球抗疟的最重要武器 。 一旦疟原虫普遍对其产生抗药性 ， 后果将十分严重 ， 全世界科学家都非常担心‘青蒿素抗药性’进一步恶化 。 ”

　　屠呦呦认为 ， 要想破解“青蒿素抗药性”难题 ， 就必须搞清楚青蒿素的作用机理 。 屠呦呦团队成员、中国中医科学院青蒿素研究中心研究员王继刚说 ， 青蒿素在人体内半衰期（药物在生物体内浓度下降一半所需时间）很短 ， 仅1至2小时 ， 而临床推荐采用的青蒿素联合疗法疗程为三天 ， 青蒿素真正高效的杀虫窗口只有有限的4至 8小时 。 而现有的耐药虫株充分利用青蒿素半衰期短的特性 ， 改变生活周期或暂时进入休眠状态 ， 以规避敏感杀虫期 。 同时 ， 疟原虫对青蒿素联合疗法中的辅助药物“抗疟配方药”也可产生明显的抗药性 ， 使青蒿素联合疗法出现“失效” 。