恰巧郭皇后被废，范仲淹率领谏宦、御史跪伏在阁门前争谏此事，但没有得到皇上恩许 。第二天，范仲淹准备留下百官会集宰相在朝廷上再次谏争，当他刚走到待漏院时，朝廷下达诏书，命他出任睦州知州 。一年以后，调任苏州知州 。苏州发生水灾，百姓的田地无法耕种，范仲淹命令民众疏通五条河渠，导引太湖水流入大海，他招募民众兴修的水利工程，还没有完成，就被调任明州知州，转运使向朝廷上奏，暂时留下范仲淹完成水利工程，被得以批准 。朝廷提升范仲淹为尚书礼部员外郎、天章阁待制，召回京城，判国子监，又转升为吏部员外郎、权知开封府 。
当时吕夷简执掌朝政，被任用和得到提拔的人大都出自他的门下 。范仲淹向仁宗呈上一份《百官图》，指着图上百官升迁的次序说：“像这样的是循序升迁，像这样的是不合次序的升迁，循序升迁是公正的，越序升迁是不合理的，完全是私意 。况且天子近臣的提拔和黜降，凡是超过一定限度的，也不应该全部委托宰相处理 。”吕夷简很不高兴 。有一天，在讨论建都之事时，范仲淹又说“：洛阳地势险要，城池坚固，而汴京却是四面攻战之地，天下太平时皇上可以居住汴京，但一遇战事皇上必须居住洛阳 。因此应当逐步地扩大洛阳的储备，修缮洛阳的宫室 。”仁宗皇帝问吕夷简，吕夷简说“：这是范仲淹迂腐空疏的言论 。”范仲淹于是写了四论上呈仁宗，大都是指斥当时朝政的言论 。并且说“：汉成帝相信张禹，不怀疑母舅家，因而导致了王莽篡国之祸 。我担心今天也有张禹这样的人，破坏陛下的家法 。”吕夷简愤怒的向仁宗诉说“：范仲淹离间陛下和我们的关系，他所任用的人，都是他的同党 。”范仲淹对此极力反驳，言辞急切，因此被罢官而降任饶州知州 。
殿中侍御史韩渎迎合宰相旨意，奏请仁宗把范仲淹同党的姓名写出来，在朝廷上张贴公布 。于是秘书丞余靖上书说“：范仲淹因为一句话得罪了宰相，就立即加以贬斥流窜，何况他前次所议论的是关于陛下母子夫妇间的事，陛下都已经宽容了他呢 。我请求陛下追回并修改前道诏命 。”太子中允尹洙上疏自讼和范仲淹是师友关系，而且范仲淹还曾经向朝廷推荐过自己，愿意和范仲淹一起降官贬黜 。馆阁校勘欧阳修因为高若讷身为谏官，但对范仲淹被贬之事一言不发，就写信责备他 。因此，这三个人都因为范仲淹一案而遭贬 。第二年，吕夷简也被免除了宰相之职，从此关于朋党的争论就开始了 。范仲淹被贬离开朝廷，士大夫们接连不断地替他辩白举荐 。仁宗对宰相张士逊说：“过去贬谪范仲淹，是因为他密奏请求立皇太弟的缘故 。现在他的同党这样称赞举荐他，怎么办？”再次下诏警告不准互结朋党 。
范仲淹担任饶州知州一年多后，被调任润州知州，不久又调任越州知州 。元昊反叛，范仲淹被召回京，担任天章阁待制、出知永兴军，后又改任陕西都转运使 。恰逢夏竦担任陕西经略安抚、招讨使，朝廷提升范仲淹为龙图阁直学士来担任夏竦的副手 。吕夷简再次担任宰相，仁宗劝告范仲淹解除与吕夷简以前的怨恨 。范仲淹叩头回答说“：我以前所议论的都是国家的公事，对吕夷简本人并没有怨恨 。”
延州周围各要塞大多失守，范仲淹主动请求前往延州，被升为户部郎中兼任延州知州 。以前，朝廷诏令规定将领分别统辖边境驻军：总管统辖万人，钤辖统辖五千人，都监统辖三千人 。遇到敌人侵略而要抵御时，官品低的将领需首先出击 。范仲淹说“：对战将不加以适当选择，而只以官品的高低来作为出阵的先后，这是自取失败的办法 。”于是他普遍检阅本州军队，得到一万八千人，并分为六部，每位将领各自统领三千人，分部训练士兵，根据敌军的多少，派遣他们轮流出战抵御敌军 。当时塞门、承平各要塞已被废弃，范仲淹采纳种世衡的计策，修筑青润城来扼杀敌军进犯的要冲，大兴农田水利，并且开放民间贸易，以便边民互通有无 。又因为老百姓远路输纳赋税过于劳苦，他上奏请求将..城建成军事基地，让河中府同州、华州的中下户就近送缴税租 。每年春夏两季调集军队就地取得给养，可以节省买粮开支十分之三，这还不包括其他开支节省的费用 。仁宗诏命这支军队为康定军 。

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