建安九年（204年），吕蒙跟随孙权讨伐黄祖，击破黄祖水军 。孙权听说丹阳、豫章、庐陵三郡的山越少数民族起事 。令吕蒙与别部司马黄盖、韩当、周泰等率兵镇守险要，以武力平定了这几个地区的叛乱 。吕蒙因功任命为平北都尉，兼任广德长 。建安十三年（208年），孙权第三次讨伐驻扎在江夏郡（今武汉）的黄祖，吕蒙随军出征 。黄祖下令用蒙冲战舰封锁沔口（汉水入长江口），用大棕绳系巨石为锥以固定舰位，上有千余人用弓弩交射，封锁江面，吴军攻击受阻 。吕蒙率前锋部队奋勇迎击 。只见他冲人黄祖军中，亲手斩杀了黄祖前线大将陈就 。东吴大军乘胜水陆并进，包围夏口城，军心大振 。黄祖得知陈就已死，心神不安，逃跑时被杀 。孙权大获全胜，论功行赏，升吕蒙为横野中郎将，赐钱千万 。
攻破黄祖后，吕蒙跟随周瑜、程普等参加赤壁大战 。随后，又随周瑜在夷陵城下大破曹军 。曹军趁夜逃跑，吕蒙驱兵追赶截击，斩杀了不少曹军，获得战马三百余匹，吕蒙军威大振 。战后，吕蒙升偏将军，浔阳令 。后来，益州袭肃率军来降，周瑜请孙权划拨给吕蒙统领 。一次，孙权对吕蒙说：“你如今身居要职掌握重权，不可以不学习” 。吕蒙推说军务繁多，没有时间学习 。孙权说：“你说你事务繁忙，难道比我处理的事务还多吗？我还时常读书，觉得读书对自己有很大的帮助” 。吕蒙这才醒悟，开始学习 。几年以后，吕蒙长了不少见识 。
建安十五年（210年），周瑜死后，鲁肃接任都督，赴陆口（今湖北嘉鱼陆溪镇）上任，路过吕蒙任职的浔阳（今江西九江） 。因为鲁肃以前不大看得起吕蒙，不想去见他 。鲁肃的手下说：“吕将军功名日显，今非昔比，还是去看看为好”！鲁肃这才去与吕蒙相见 。酒席上，吕蒙问鲁肃：“君受重任，与关羽为邻，将何计略以备不虞?”鲁肃信口回答：“临时施宜 。”吕蒙说：“今东西(指吴蜀两国)虽为一家，而关羽实熊虎也 。计安可不预定?”然后为鲁肃筹画了五条谋略 。鲁肃听罢，大为惊奇，“于是越席就之，拊其背曰:‘吕子明，吾不知卿才略所及乃至于此也’，你终于不是“吴下阿蒙”了” 。吕蒙大笑 。筵后，鲁肃拜见吕蒙的母亲，两人结为好朋友，过从甚密 。孙权有时遇到困难，也喜欢找吕蒙商量 。
建安十八年（213年）正月，曹操亲率十万大军进攻孙权，进至濡须口（今安徽无为东南），攻破孙权军江西营寨，俘虏都督公孙阳 。吕蒙随孙权统领七万部众抗御曹操 。吕蒙多次献奇计，颇有效验 。刘备派关羽占据、镇守荆州 。孙权屡次索要，刘备拒不归还 。
建安二十年（公元215年），孙权亲率十万大军，征讨合肥，为魏将张辽所挫败 。孙权围合肥十余日不克，遂撤围退兵至逍遥津（今安徽合肥东）北，张辽乘机率步骑发动袭击 。吕蒙、甘宁、凌统奋力抵挡，拼死厮杀，掩护孙权逃至逍遥津，孙权急策所骑骏马腾越而过 。时值将军贺齐率三千人在逍遥津南接应，孙权才侥幸得免 。这一仗是历史上著名以少胜多战役 。
“吕子明白衣渡江”是三国时期最为成功的经典奇袭战例之一 。建安二十四年（219年），曹操被关羽打得喘不过气来，“许（诺）割江南以封（孙）权”，让孙权起兵袭击关羽的后方、减轻曹魏的军事压力 。孙权同意了，让吕蒙组织实施 。鲁肃在世时，鲁肃等人认为曹操雄踞北方，战乱刚刚开始，孙刘两家应该互相依赖，互相帮助，同仇敌忾，不可因双方利害争夺影响大局 。吕蒙却持有不同见解，认为曹操在黄河以北，安抚平定了幽州、冀州，没有空暇顾及东面，徐州境内防守的兵士所说力量微不足道，只要去进攻，自然可以攻克 。现在刘备远在益州、鞭长莫及，关羽与曹军争夺襄阳（主要指樊城）斗得不可开交，我们（东吴）正是夺取荆州的好时机 。孙权同意并命吕蒙为主帅偷袭荆州，自己亲率大军为后援 。荆州江陵守将麋芳、公安守将傅士仁因与关羽有嫌隙而不战而降 。吕蒙军身着白甲，率军化妆成商队，乘船陆续达到荆州 。吕将关羽部下的家属全部抓获，厚加抚慰，下令军中不得骚扰百姓，不得擅人民家有所索取 。

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