从免疫理论看，扁桃体确实很有用 。但是从治疗角度看，若扁桃体有严重感染，反复发炎，影响咽鼓管功能，使听力受影响;或形成细菌藏匿的病灶，导致反复发作的关节炎、风湿病、哮喘等疾病，特别是多年不愈的牛皮鲜 。这时，扁桃体对身体健康不但无益，还给人体带来更多痛苦，那就应该施行扁桃体切除术 。
从免疫的观点来看，小孩子不应随便将扁桃体摘除 。因为切除后可能会影响局部的免疫反应，降低身体抗感染的能力，身体其他部位的扁桃体例如舌扁桃体、咽侧索、腺样体等会反应性增生，导致咽喉不适，因此必须慎重 。
扁桃体炎反复发作的人，妨碍呼吸和吞咽，引起风湿及肾炎等疾病时，应及时切除 。一般儿童扁桃体切除术应在四岁以后进行，而且要等炎症消退后两周至三周切除比较适宜 。但若发作过于频繁，不能久等，可考虑在发作消退后数天施行手术 。
扁桃体可以看做一种特殊的淋巴结，它较其他淋巴结除了体型较为巨大之外，还因其可产生淋巴细胞、抗体等；故其具有抗细菌、抗病毒的作用 。
我们通常有个感冒、发烧都会去医院看医生，那么医生都会顺便检查下你的咽喉，看下你的扁桃体的状态，因为扁桃体的位置较为特别，它位于消化道和呼吸道的交会处，这就意味着扁桃体经常接触病菌及异物，故扁桃体需要保持表面上皮完整及不断分泌粘液腺，粘液中脱落的细胞同时带走细菌；但当我们身体抵抗力下降，扁桃体上皮防御机能减弱，腺体分泌能力下降，那么扁桃体就会遭受感染而发炎 。
【扁桃体肿大会不会导致呼吸困难 扁桃体肿大会导致呼吸不畅吗？】临床上扁桃体分为三度，I度扁桃体不超过咽腭弓，也就是通常都是看不到的 。你平时照着镜子看时看不到的 。II度扁桃体超过咽腭弓，III度扁桃体肿大达咽后壁中线 。
当扁桃体处于III度肿大，严重发作可引起上呼吸道阻塞，可引起严重打鼾，吞咽不畅，发音不清 。通常该病还伴随着上呼吸道感染症状，如咽喉、气管及支气管炎，可出现咳嗽、咳痰、发热、气促及主观上“呼吸困难” 。
频繁发作的扁桃体炎可以进行手术切除（一年发作四次或四次以上或两年内每年发作三次或三次以上），当然还包括上面所说的引起上呼吸道阻塞症状 。对于小儿来说由于扁桃体是个免疫器官，能产生各种免疫球蛋白及提供一定的细胞免疫作用，能抑制细菌对呼吸道黏膜的粘附，阻止细菌生长、扩散，对病毒也有中和及抑制的作用 。那么到底切不切需要权衡利弊，只要利大于弊就可以进行手术，但对小孩子来说应在四岁以后进行手术 。

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