1227年阴历七月初九（公历8月22日） ， 邱处机在北京白云观仙逝 ， 享年80岁 。 阴历七月十二（公历8月25日） ， 成吉思汗病逝于甘肃省清水县 ， 享年66岁 。

从成吉思汗和邱处机相见到各自离开人世 ， 前后5年多 ， 他们相处的时间不算长 ， 但丘处机的“止杀”思想深深地影响了成吉思汗 ， 此后蒙古铁骑征战 ， 大大减轻了对平民的伤害 。

今天 ， 北京白云观中的邱祖殿（后人因避孔子名讳 ， 将“丘”改为“邱”） ， 有一副乾隆皇帝写的对联：“万古长生 ， 不用餐霞求秘诀；一言止杀 ， 始知济世有奇功” ， 既表达了对邱处机的敬仰 ， 也表达了对成吉思汗从善如流的赞誉 ， 同时 ， 也概括了成吉思汗和邱处机之间至诚至深的交情 。