操作时，被检查者取左侧卧位，检查者在其肛门处涂抹润滑剂，然后将电子肠镜从其肛门插入，不断推送至盲肠处，并争取进入小肠末段，之后在缓慢退镜过程中对各肠段进行仔细观察 。为了便于进镜或看清肠腔的黏膜形态，检查者可能会向肠腔内注入少量空气以扩张或暴露肠腔，此时被检查者会有较明显的腹胀感 。另外，由于大肠是弯曲迂回的，若肠子弯曲的角度过大，或者被检查者有腹部手术史等情况时，在肠镜通过之时被检查者可能出现胀痛感 。一般来说，肠镜检查所需时间因人而异，通常需要15分钟左右 。
肠镜检查究竟有没有痛苦，每个人的反映不一样，人的整个肠道有1.8~3米不等，由于肠道有很多弯曲，肠镜在通过肠道时难免会有牵拉 。肠道较长、弯曲较多的患者约占肠镜检查中的30%，此类患者易出现不适感，但其余70%人群不会出现不适 。
做肠镜检查会往里打气，气撑起来以后，尤其是打气比较多时，肠道会膨胀，患者也会不舒服，但一般可以忍受 。
部分患者做检查时会有迷走神经兴奋，迷走神经兴奋就会觉得心慌、无力、血压下降，还有一些人因为一整天不吃东西，在做肠镜检查中会坚持不住，出现低血糖 。

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肠镜的注意事项，一般是需要提前几天，尽量保持大便畅通，少吃一些富含纤维的食物，尤其是检查前三天，有便秘的人一定要提前几天服些缓泻药 。这是因为做肠镜时，如果肠道里有很多残渣，会盖在病变表面，影响镜头观察 。
除了洗肠以外，当天早上不能吃东西，中午也不可以进食 。当做完肠镜了，把气排出去，拍拍肚子，肚子不是那么胀了才可以进食 。
肠镜分为普通肠镜和无痛肠镜两种，普通肠镜检查本身只要把泻药服下就可以了，把肠道洗干净，最后排出，大便像清水一样排出就可以了 。它对最后的进食，尤其是进水时间是没有要求的 。如果患者感觉到无力或低血糖这种情况，可以喝一点糖盐水，随时喝没有任何问题，只要喝的东西是不含色素的，没有纤维的就可以 。
如果是无痛肠镜检查，麻醉状态下，如果患者喝了很多液体，它会反流上来误吸造成生命危险，所以这时一定要问清楚麻醉师，要进水多长时间 。当天是肯定不能吃饭的，如果进水，麻醉和非麻醉是有它自己的要求的，请按照医生的规定来执行 。
说起做肠镜，本人身有体会 。
2014年正月大宝出生，在月子里婆婆煮的菜都是炒的，而且放了很多姜来炒，太上火了导至上厕所老是出血，那时在哺乳期，又不敢吃药，怕对宝宝有影响，其间一点上火的食物也不敢吃了，但上厕所还是时不时会出血，直到当年十月份宝宝戒奶了，我去到医院检查，医生说得了混合痔疮，开了吃的中药和外用的药，当时只是好了点点，出血的次数少了，也经常在网上找偏方，开中药吃，但是效果也没多大变化，就这样一直在循环着出血看医生的情况 。
一直到2017年，肚子总是会温温的痛，也沒吃坏肚子也会痛，特别是中午睡醒觉就开始痛了，痛一下又过去了，也去做腹部B超，说没问题，我也和医生说了痔疮的事，后面建议我去做肠镜看看，当时想做肠镜也好，如果有问题还能及早治疗，下面我就来说说我做肠镜的经历吧 。
在医生开单前我也在网上查了关于做肠镜的各种情况，大部分人都说做普通肠镜很痛苦，而做无痛肠镜的人就舒服多了，所以在医生开单时我就果断选择了无痛肠镜 。当时做普通的好像才三四百块钱，我做无痛的就要九百块钱左右，去交了费，拿了药再去找医生，医生交待了注意事项如下：

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