两个方面，一是手柄本身的问题，二是游戏的问题。
手柄的问题是按键不够（一个键往往要负责多个功能）。
比如左右摇杆有时候要负责“移动”“视角”“冲刺”“近战”“左右peek”等多个功能，导致会出现一些pc玩家看起来匪夷所思的操作。
典型例子是彩六，我在自己玩和队友视角的情况下，发现手柄玩家遇到中距离突然出现的敌人的时候，或者摇头开完枪收镜的时候，会刀空气一下。原因就是控制右摇杆的时候用力过猛，不自觉地按下去触发近战，导致白给。
另外按键不够使得主机版r6无法不开镜侧身。
还有就是手柄的压枪效果比不上鼠标（毕竟鼠标能拉一个桌子而摇杆范围就脉动盖子那么大），导致不少枪pc压得住主机压不住，比如cod15的野火模组。
【热血少女用键鼠玩好还是手柄玩好？】游戏的问题是操作优化（过于繁琐复杂或者压根没优化）。
典型例子是吃鸡、守望先锋以及三作跳跳虎cod11 12 13。
吃鸡基本上就是把pc版直接往主机上硬安，装备界面极其繁琐，pc上鼠标一拉一拖的事儿，主机要来来回回在几个子菜单上折腾，舔包时间大大加长。
守望是几乎没对主机按键做优化，有的英雄玩起来非常别扭。代表人物就是dj，不改键这个英雄几乎没法好好走墙。
cod是在引入了飞檐走壁设定之后，就造成了跳跃键和右摇杆的冲突，被能够打飞天狙和跳射的键鼠兄弟吊锤。所以不少人把跳跃键改成了左肩键，用中指开镜和开火（但这又引发了舒适性的问题，从而导致有些玩家不得不选购精英手柄）。