耕作方式也在很大程度上影响土壤的渗透能力，耕作虽然可以短期内提高渗透能力，但在随后的作物生长期间渗透力反而明显下降。耕作方式不合理造成耕作层土壤板结或耕作下层形成犁抵层，都阻碍土壤渗水。耕作并不能从根本上解决土壤板结的问题，只有长期保护性耕作和提高土壤肥力才是彻底解决问题的有效办法。保护性耕作的土壤，由于保护了土壤生物的生存空间和活动通道，更有利于土壤水的渗透。土壤肥力自我恢复的目的在于尽可能地减少农业生产对外源化肥和灌溉的过分依赖。要保持土壤肥力的自我恢复能力，就必须想方设法提高有机物质的投入量，至少应当维持土壤有机质消耗和添加之间的平衡。
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