2001年，上交决定学院重心迁移至闵行校区，同时和闵行区政府合作”开发“紫竹科技园，创立大学--企业--政府合作的模式，这个举措给上交搞来了20亿的投入 。这钱真的够上交花一阵子了，同时闵行校区扩大至4680亩 。

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2005年合并原上海第二医科大学成为上海交通大学医学院，从此上交第一次真正意义上的成为国内大学的Top5(一上交领导所语，至少从那年开始号称Top5不会招徕耻笑) 。，本次合并作用巨大，原上海第二医科大学拥有院士、教授、实验室、论文等数据，超过国内很多985高校，上交每年一半的优质论文、科研基金和国家三大奖都来自这个学院，同时也狠狠的把这个学院的杰出校友资源都变成了自己的 。


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2007年成立上海交通大学高等教育研究院，这机构不出名，但是它评出的世界大学学术排名却是世界四大最具影响力的全球性大学排名 。上交通过这个排名，和世界众多大学建立了所谓的深厚友谊和众多交流，更是极大的提高了自己的国际知名度 。一个偏理工科的大学，和教育产业研究没半毛钱关系都能搞一个如此的副业 。而且上交还创办了校企：培训机构上海交大昂立教育集团、保健品昂立1号口服液，，这些校企可给交大每年赚不少钱 。


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有很多人吐槽上交挖教授用尽”各种手段“，但这些所谓的手段也无外乎是高薪、高位、高回报，甚至校领导、同学轮番游说，又许以户口+高薪+科研自由，其实也是求贤若渴 。
通过上面这些，足可以看出上交在近三十年的时间里一点都没有荒废，时时刻刻都在改变在创新 。他们率先提高了学校的硬件设施，通过校企合作不断巩固自己优势学科，通过合作来建设和加强自己的弱势学科，并积极建设新的前沿学科 。

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