摆在产科医生面前的疑问是，是否应该对每例孕妇进行阴道菌群的普查 。由于国内外专家对这个问题都没有进行深入的大规模研究，实在是难以回答 。但如果既往有过高危新生儿的病史，最好在首诊时进行一次普查 。有条件的在中孕期也应该再查一次，以预防胎膜早破 。
对于早孕期妇女，不推荐使用口服甲硝唑 。建议局部（阴道）使用甲硝唑栓或2%克林霉素阴道乳剂，每天两次，连续5～7天 。尽管如此，还是难以彻底消除炎症 。而且局部使用克林霉素的病人，阴道用药并不减少早产的发生率 。对于这些病人，推荐使用阿莫西林/克拉维酸 。该药对革兰氏阳性需氧菌、革兰氏兼性和专性厌氧菌都具有广泛的抗菌性 。而且，它对胎儿不产生任何毒副作用 。
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在预防细菌性阴道病方面，应该尽量减少对阴道的冲洗 。不要在没有弄清楚阴道炎类型的情况下，长期大量使用抗生素等药物，也不宜使用疗效不明的广谱抗阴道炎的药物 。
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