但文昌鱼最大的价值在于它原始脊索动物的身份，是从低级无脊椎动物进化到高等脊椎动物的中间过渡动物，是脊椎动物起源和演化研究的活化石 。如此重要的动物，头索动物仅存的物种，却一点也不出名，甚至很少为大众知道，这个现象确实让人难以置信 。
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