1958年鸡鸣寺改为尼众道场，“文革”期间，鸡鸣寺遭到严重破坏，1979年，恢复保护名胜古迹和落实宗教的政策，重建鸡鸣寺 。1983年以来，在方丈宗诚法师的带领下，修复了头山门、观音殿、大雄宝殿、豁蒙楼、景阳楼、韦殿、弥勒殿、志公台、念佛堂、药师佛塔、藏经楼、法堂、客堂等 。1985年鸡呜寺重新对外开放，随后又逐步修了大山门、毗卢宝殿、钟楼、鼓楼、放生池等建筑，使古老的鸡鸣寺又成了南京很有影响的寺院 。
鸡鸣寺有很特别的方面，比如，同治年间兴建的观音楼，楼中的观音与其它寺院的观音不同，是一尊倒坐观音菩萨像(面朝北而望)，佛龛上的楹联很有趣地道出了佛像的奥秘：“问菩萨为何倒坐，叹众生不肯回头 。”颇有哲理意趣，甚是耐人深思 。
再如，鸡鸣寺有座宝塔，其南面正门上的匾额有“药师佛塔”四个大字，系原中国佛教协会会长赵朴初的手迹，北门门额上镌刻有“国泰民安”匾额，为原来南京市市长所题，塔内供奉有药师佛铜佛像一座，此像原供奉于北京雍和宫，1972年由赵朴初向国务院提请、经周总理批准送给南京灵谷寺，灵谷寺维修时，将迎奉于鸡鸣寺的塔内 。此外，在塔内的四个佛龛中，每个龛内都供奉有一尊捕木的药师佛像 。在豁蒙楼东的景阳楼，有一副有趣的对联：“鸡笼山下，帝子台城，振起景阳楼故址；玄武湖边，胭脂古井，依然同泰寺旧观 。”这副对联包含着关于鸡笼山、台城、玄武湖、同泰寺和胭脂古井等遗迹的故事 。
关于鸡笼山、台城、玄武湖和同泰寺，大家已有一些了解，那么，胭脂古井到底是怎样的呢？
【鸡鸣寺的传说 关于鸡鸣寺的传说】鸡鸣寺门前坡下有一口古井，传说中称“胭脂井” 。多少年来，人们喜欢将胭脂井与陈后主和张丽华的故事联系起来，似乎其中有个难解的情结，因为历来亡国君王的情感故事似乎令人更兴趣 。南朝时陈朝皇帝陈叔宝，史称陈后主，是陈朝最后一个皇帝，他在位不到八年，荒政误国，最后无力与南下的隋军抵抗，当隋军进入皇宫时，陈后主被逼走投无路，带着两个宠爱的妃子躲进景阳楼下的枯井中，最后被隋军大将韩擒虎活捉 。之后，陈后主及二太子、诸弟王及文武大臣一齐被押往长安，这样的结果本来是昏君误国造成的，不能算在妃子们的头上，但是，陈后主最美丽的妃子张丽华，历来却承担着最倒霉的责任，陈后主等被掳后，晋王杨广担心“美色误国”，将张丽华处死，妃子长得很美丽，这本来是没有罪的，但是，长得很美的张丽华，却不仅因美丽被处死，而且还落得了个千古骂名 。此外，陈后主和张丽华都躲过的那口胭脂井，后来被一直称为是“辱井”，令人感叹 。清周宝瑛有诗曰：“可怜此井为何辜，一辱至今不能洗 。”
胭脂井原名又称景阳井，《六朝事迹编类》说：“景阳井，一名胭脂井……其井有石栏，上多题字 。旧传云：栏有石脉，以帛拭之作胭脂痕 。”据史籍记述，胭脂井在台城内，约在今珠江路东段北侧玄武区政府办公大楼附近，所以，鸡鸣寺的那口井根本不可能为“胭脂井” 。
那么，鸡鸣寺的那口井为什么一直被当成是胭脂井呢？主要是因为姚鼐总修的《嘉庆江宁府志》误断鸡笼山的城墙为台城所致 。陈济民先生举出了史料对此作了说明，如清嘉庆周宝瑛著文指出：“今鸡鸣寺侧为台城语，多不合 。”《同治上江两县志》误把山上城墙当成是台城，因而也人为地把景阳楼、胭脂井都离谱地“搬”到了山上，后来，民国时期，南京市长马超俊又在鸡鸣寺的那口井边立起了“古胭脂井”碑，此后更加以讹传讹 。胭脂井的故事令人感叹，但故事代替不了史实，事实是不能歪曲的 。陈济民先生认为，若能在此井旁立石说明其原由，该是颇有意义的 。

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