军统分公开与秘密两部分单位 ， 秘密单位不公开活动 。 公开单位的军统人员在外面活动时 ， 也不会自称是军统局的 。 军统局的公开单位有军委会特检处（后改为军委会办公厅邮航检查处 ， 这个处连军统内部很多人都不知道属于军统局单位）、卫戍区总司令部和警备司令部稽查处、水陆交通统一检查处、缉私署、货运局、警察局侦缉大队、兵工署警卫稽查处、长官公署第二处、中美合作所、国防部二厅、交警总队及国民党军队各级谍参情报军官、驻外武官 ， 这些单位的军统人员对外只能自报所属的部门 。 军统局只有一个部门骄横无比 ， 对外称呼自己是“望龙门的”！

军统局原有特务队 ， 担负警卫等任务 ， 抗战前皆为便衣 。 抗战后改为武装部队 ， 着军装 ， 正式番号为国民党军委会交通统一检查处第二巡查总队、军委会特务第五团等 。 军统内部称“特务总队” ， 下辖三个武装大队、一个便衣中队 。 它不同于国民党军队和机关中的特务团、营、连只担任警卫任务（国民党军队中有特务长职务 ， 负责主管伙食生活） ， 军统特务总队一部分人员担任军统局本部和戴笠、宋子文等公馆警卫 ， 大部分任军统看守所、监狱看守 。 重要人物如张学良、廖承志、叶挺、杨虎城等“要犯”均由他们来看守 。 军统处决人犯也由他们来执行 。 尤令军统内部特务们心惊胆战的是特务总队行动组 ， 这个组不仅在社会上可以公开搜查 ， 执行抓捕任务；在军统内部 ， 凡违反纪律的特务 ， 无论级别高低 ， 均由该组去拘捕扣押 。 因而在军统局内部有“锦衣卫”之称 。 特务总队还有自己的看守所 ， 捕来的犯人都在此初审 ， 然后才会根据案情转往白公馆和息烽集中营 。 军统局内部称此处为“小学” ， 后两者分别为“中学”和“大学” 。