既然是一套哲学系统，那我们就需要顺着哲学的思维去探索《内经》 。《内经》来源于上古气一元论的朴素唯物主义思想 。即认为炁（气）是物质的本源，这里的炁不能简单理解为虚无缥缈、看不见摸不着得物质，而是构筑我们物理世界的至精至微的物质实体，用现代科学的话来解释，炁就是质子、电子、中微子、夸克这一类的基本粒子 。
炁（太极）一分为二则为阴阳，阴阳化合生五行，五行生克萌发万物 。万物是炁的不同形态 。（天地万物即是一炁所生、而又天地万物无非是炁 。
由于 炁 看不见、摸不到，人们只能通过摸索天体、时令、地理、方物的规律去掌握炁的规律 。慢慢的就发现了一种普适于一切事物的约束性法则，古人就把它称之为道 。（ 古人对道进行了详细的探索和描述，将道这种玄之又玄的东西用人类的语言描述出来，写就了《道德经》 。）由于道的普适性，它既可以放大到至大的宇宙空间中，也可以缩小到至小的精微空间中，（ 其大无外、其小无内。
）在没有显微、解剖技术的古代，圣人们就把道推理到人体中，形成了中医的理论基础，也就是《内经》 。
这种由外而内，由显而微的医学体系告诉我们人体机能的运行是与炁的运行规律一致的（气运），与阴阳、五行、四时、干支、星宿甚至风水等自然事物运行规律相同的 。（所以说：国有国运，人有人运 。“上医医国、中医医人、下医医病”是不无道理的 。）
道统领阴阳、四时 。尊道而行，人体机能则会运行的更持久，逆道而行，人体机能则运行的则会短一些 。古人基于对道的认识和尊重，以及对人构架和气运的观察，总结出一个朴素的诊疗观点——天人合一 。
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