长期应用益生菌会对人体构成潜在的危害 。医学研究证明：人体长期使用人工合成的益生菌产品，会促使肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力，久之人体肠道便会产生依赖性，医学上称之为“益生菌依赖症” 。而人体一旦患上“益生菌依赖症”，终生都将依靠和使用人工合成的口服益生菌产品来维持生命的健康状态 。  
一些医学医生还提出：益生菌的过度使用可能成为孕育“超级病菌”的新温床 。由于许多乳酸菌对抗生素具有多重抗药性，透过与病原菌的共同生活、接触，很可能将自身携带的抗药性基因传递给病原菌，使之获得抗药性而成为“超级病菌”，导致感染时可能无药可医 。其他可能的副作用还包括影响醣类与脂肪的代谢功能以及免疫功能失调等等 。  
美国卫克佛瑞斯特大学(Wake Forest University)医学院小儿科阿菲纳许?雪提(AvinashK.Shetty)博士研究团队所发表研究中指出，虽然益生菌在正常健康的人身上或有益处，如有助减缓儿童腹泻疾病，不过像免疫不全、免疫低下患者，或者极度虚弱的人在使用益生菌时要特别留意感染风险，益生菌很可能留在血液中，进而引起败血症、心内膜炎等疾病 。  

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