抵押财产被人民法院依法扣押的孳息的处理是：
1、(抵押)财产的孳息分为天然孳息和法定孳息 。天然孳息指物依照自然规律产生的收益，如树木结的果实、牲畜产的幼畜;法定孳息指依照法律工资产生的收益，如出租人收取的租金等 。
2、抵押权设立后，抵押财产的占有权、使用权和收益权仍由抵押人行使 。无疑，其孳息应归抵押人所有 。

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3、但是，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，致使抵押财产被人们法院依法扣押的，此时的孳息不能归抵押人所有 。否则，会变相鼓励抵押人拖延处理抵押财产，不利于保护抵押权人的利益 。
4、抵押财产被扣押后，天然孳息取得不涉及第三人，但法定孳息的取得，却依赖于义务人的给付行为 。如果抵押权人未将扣押事实通知应当偿付法定孳息的义务人，则义务人无法将孳息(如租金)交付给抵押权人，抵押权的效力也就无法及于该孳息 。故《物权法》作出此项规定 。
【法律依据】
《物权法》第二百三十五条：留置权人有权收取留置财产的孳息 。
前款规定的孳息应当先充抵收取孳息的费用 。

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