一、不可忽视的卫生问题 。正常情况下，卤菜在制作环节，只要在卤制之前把食材清洗干净，基本上不会有太大的卫生问题 。但在销售环节，这个问题就非常突出了 。
大家知道，很多卤菜店都是位于大街小巷的小门店，甚至有不少还是流动摊点 。由于这些店面或者销售点缺乏相应的低温冷藏、灭菌、防尘、防蝇等卫生设施，特别是流动性摊点在户外销售，卤菜极易变质 。虽然卤菜刚出锅时并不会变质，但如果在外面常温状态下放置的时间过长，那么就会有细菌迅速进行繁殖，从而有可能使卤菜变质 。同时，有些黑凡商家在进货时就有可能购进腐败变质的食材，虽然经过卤制后会杀灭其中的一些细菌，但是因其本身就是变质了的，这种变质了的食品肯定是不能食用的 。
二、卤水配方安全问题 。大家应该会发现这么一个现象，每一家经营卤菜的门店都宣称自己的卤水是独家配方，与别人家的绝对不会一样 。而且有的人还会非常夸张地讲，他家的卤水配方给多少钱也不会卖！是的，卤菜的味道主要取决于卤水，这个是毫无疑问的 。而且这个也没有相应的国家标准，全是每个店家自己配制 。
因此，为了使自己的卤菜在色香味等方面有别于他人，所以每家卤菜店的香料包等配料都是秘不示人的，作为消费者来说，店家究竟往他的卤水里面添加了些什么东西，你是根本无法知道的，因为这涉及到他们的所谓商业机密 。
这些香料中，除了常见的生姜、八角、桂皮、茴香、花椒、胡椒等品种外，很多小作坊为了节约卤水加工时间，或者是为了给自己的卤菜增香上色，他们往往在这些天然香料之外大量使用化工合成香料 。这些纯粹化学合成的香料虽然很多都是能用作食品添加剂的，但是那是在严格的国家标准控制之下使用 。对于卤菜作坊，这些东西使用时用多用少，只是靠店家凭感觉，凭需要去添加，其安全性是令人堪忧的 。
三、过度使用香料影响健康 。 香或者说重口味，是各种卤菜的共同特点 。为了达到使自己的卤菜更香的目的，大量使用各种自然或人工合成香料已经不是什么秘密 。但是，过多地摄入香料，对人体健康是有害的 。
根据我国流行病学调查发现，某些疾病的诱因与饮食中长期大量食用香料有关 。同时大量食用香料还会带来口干、咽喉痛、精神不振、失眠等副作用，同时还会诱发多种疾病 。
四、高盐高油不利于健康 。卤水之所以能长期保存，其原因之一就是因为它含盐量高，比较咸 。那么从很咸的卤水中加工出来的食物，其含食盐量肯定过高 。卤菜盐含量高，食盐摄入过多，对人的心血管会造成危害 。
而且大多数卤制品通常除了太咸以外，还很油腻，多吃易患心血管病并增加肾脏负担 。而且，酱卤肉制品为了增鲜和增色，往往还要加入少量亚硝酸钠，这是一种潜在致癌物，长期过量食用可能致癌 。
五、卤制品反复加热产生有害物质 。一般来说，为了使卤菜更能入味，在加工卤菜时，所用的时间远远超过一般食品所用的时间 。尤其是肉类卤制品，其熬煮的时间更长 。同时，大多数卤菜如果不能及时销售完毕，店家会在下一次销售之前对其进行再次高温煮制处理，如此反复 。食物经高温加热会有氧化现象，时间太久会产生过氧化物，食用后会破坏血管、细胞膜及DNA等 。
此外，肉类卤菜中还含有胆固醇氧化产物 。新鲜肉中不存在胆固醇氧化物 。肉在长期贮存和加热中生成胆固醇氧化物 。肉食品中的胆固醇氧化物对人的健康有害 。因此，多吃卤味对身体健康会造成一定影响 。

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