隋朝重新统一中国 。隋开皇九年（589年），改始新县为新安县，并遂安、寿昌入新安县，隶婺州 。改新安郡为歙州，领海宁、黝、歙县，治海宁（一说并黝、歙入海宁，划归婺州） 。开皇十一年歙州辖黝、歙、海宁县，治黝县 。开皇十八年取“休阳”、“海宁”各一字改海宁县为休宁县，郡治在万岁山（又名万寿山，即今休宁县万安镇东古城岩） 。大业三年（公元607年），复改歙州为新安郡，辖休宁、黝、歙县，郡治休宁县 。隋末动乱，大业十二年，歙县人汪华起兵占据歙州及宣、杭、睦、婺、饶共6州，号称吴王 。王城即设于休宁万安万岁山，这便是万岁山又称为古城岩的来历 。次年迁往歙县乌聊山 。
唐武德四年（公元621年），汪华归附唐朝，被封为越国公 。复改新安郡为歙州，州治歙县 。并在歙县设歙州总管，越国公汪华为总管府使，总管歙、宣、杭、睦、婺、饶六州军事 。武德七年改总管府为都督府 。永徽五年（公元654年）平睦州女子陈硕真起义，析歙县地置北野县 。开元二十八年（公元740年），平休宁人洪贞起义，划休宁回玉乡及乐平怀金乡置婺源县 。天宝元年（公元742年）改歙州为新安郡，辖歙、休宁、黝、北野、婺源县 。乾元元年（公元758年）复改歙州 。大历元年（公元766年），平方清起义，析歙、休宁地置归德县，析黟县赤山镇和饶州浮梁地置祁门县，划歙县华阳镇置绩溪县 。大历五年，废北野县入歙，废归德县入休宁，歙州辖歙、休宁、黝、绩溪、婺源、祁门县，从此形成延续至清末达一千两百多年的“一府（州）六县”格局 。
五代十国时期，歙州先后属吴、南唐（江南） 。
宋宣和三年（公元1121年），平歙州人方腊起义，改歙州为徽州，辖歙、休宁、黟、绩溪、婺源、祁门县，州治歙县 。徽州名称的由来，一说因绩溪有徽岭、徽溪，一说“徽”为美义 。其实“徽”字本意为“绳索”、“捆绑”，以其命名，表达了宋王朝在经过“动荡”之后，企望对这片土地加强约束和统治 。从此，直到清宣统三年（1911年）的790年间，作为州府名，徽州这一名称一直没有变更 。
元至元十四年（公元1277年），改徽州为徽州路 。元贞元年（公元1295年）升婺源县为州，徽州路领歙、休宁、黟、绩溪、祁门县和婺源州 。至正十七年（公元1357年），朱元璋部攻克徽州，改徽州路为兴安府 。至正二十四年，又改兴安府为徽州府 。
明洪武元年（公元1368年），曾经是朱元璋重要根据地的徽州府直隶中书省 。洪武二年，降婺源州为县 。洪武八年徽州府直隶六部 。永乐元年（公元1403）改隶南京（不久改称南直隶） 。
清顺治二年（公元1645年），徽州府隶属江南省 。康熙六年（公元1667年）七月，康熙帝批准建立安徽省（省名取“安庆”、“徽州”两府首字），徽州府改属安徽省，后属安徽省徽宁道、徽宁池太道 。乾隆二十六年（公元1761年）隶安徽布政使 。咸丰四年（公元1854年），改属徽宁池太广道及皖南镇，因清军与太平军在这一带争战激烈，徽州府由浙江巡抚兼辖 。同治四年（公元1865年），复归安徽省管辖 。
民国元年（公元1912年）裁府留县，徽州所属各县直属安徽省 。民国20年实行“首席县长”制，原属徽州各县首席县长驻歙县 。民国21年10月，设安徽省第十行政督察区，辖休宁、婺源、祁门、黟、歙、绩溪6县，治所休宁 。民国23年7月，婺源县划属江西省，婺源县和原属徽州各县士民随即掀起“婺源回皖运动” 。民国27年4月，成立皖南行政公署，治所屯溪，第十行政督察区隶之 。民国29年3月，撤销第十区机构，保留名义，各县直属皖南行署 。同年8月原第十区改为第七区，辖休宁、黟、歙、祁门、绩溪、旌德6县 。民国36年6月，经过原属徽州各县士民及旅外知名人士的不懈努力，婺源县划归安徽省，属第七区 。民国38年4月，第七区所属7县全境解放 。5月成立徽州专区，隶属皖南区人民行政公署 。专区治所初置歙县，后迁屯溪 。全区领屯溪市和绩溪、旌德、歙、休宁、黟、祁门6县，婺源县划属江西省 。

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