1909年8月 ， 清廷内务府把皇家园林清华园拨给学务处 ， 用作游美肄业馆的馆址 。 学务处进行了两次招考：第一次是当年自630名考生中录取47人 ， 于10月份赴美留学；第二次是第二年从400多名考生中录取了70人 。 第二批庚款留美学生中 ， 后来出了一些著名的人物 ， 如文学家胡适、气象学家竺可桢、语言学家赵元任等 。

1911年初 ， 游美肄业馆更名为清华学堂 ， 这是利用庚子退款而专门为培养赴美留学生的清华留美预备学校 。 1912年 ， 改名为清华学校 ， 唐国安被任命为首任校长 。 1928年8月 ， 清华学校更名为清华大学 ， 罗家伦担任校长 。 同时开始公开招考留美官费生 。

1924年 ， 美国将其余的庚子赔款用于中国 ， 设立中国文教促进基金会 ， 掌管的金额为1254.5万美元 。 其中的很大一部分以奖学金的方式提供给清华大学 。 这是对清华大学的特别照顾 。