绍熙五年（1194年）八月，朱熹除焕章阁待制兼侍讲 。九月，朱熹于行宫便殿奏事 。第一札要宋宁宗正心诚意，第二札要宋宁宗读经穷理，第三、四、五札论潭州善后事宜 。十月十四日，朱熹奉诏进讲《大学》，反复强调“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”八目，希望通过匡正君德来限制君权的滥用 。朱熹敢于在皇帝面前犯颜直谏，忠言直论，即直刺宋宁宗皇帝的独断，又抨击了权贵韩侂胄的专权弄事，引起宋宁宗和执政韩侂胄的不满 。因此，朱熹在朝仅46日，被宋宁宗内批罢去了待制兼侍讲之职 。十一月，朱熹还居建阳考亭 。
庆元二年（1196）十二月，“党禁”正式发生 。监察御史沈继祖以捕风捉影、移花接木、颠倒捏造手法奏劾朱熹“十大罪状”，朝廷权贵对理学掀起了一场史所罕见的残酷清算，效法北宋元祐党籍的故伎，开列了一份五十九人的伪逆党籍，名列党籍者都受到了不同程度的处罚 。朱熹被斥之为“伪学魁首”，位列黑名单之中的第五位，有人竟提出“斩朱熹以绝伪学” 。朱熹以伪学罪首落职罢祠，朱子门人流放的流放，坐牢的坐牢，遭到严重打击 。庆元五年（1199年），朱熹已被各种疾病所困扰，党禁中的朱熹终于预感到死亡的逼近，使他有大限临头的不祥预感，更加抓紧著述 。庆元六年（1200年）入春以后，朱熹足疾大发，病情恶化 。朱熹生命垂危，左眼已瞎，右眼也几乎完全失明 。朱熹却以更旺盛的精力加紧整理残篇，唯一的愿望就是要将自己生平的所有著作全部完稿，使道统后继有人 。这个信念支撑他在生命的最后一个月不知疲倦地著述，每日为学生讲授课程，直至口不能言 。三月初九，71岁的朱熹在血雨腥风的“庆元党禁”运动中去世 。四方道学信徒决定在十一月聚集在信州举行大规模的会葬，这又吓坏了反道学的当权者，竟令守臣约束 。十一月，朱熹葬于建阳县黄坑大林谷，参加会葬者仍然有近千人之多 。而作文哭祭最真挚沉痛的是辛弃疾和陆游 。辛弃疾哭道：“所不朽者，垂万世名 。孰谓公死，凛凛犹生！”陆游哭道：“某有捐百身起九原之心，有倾长河注东海之泪 。路修齿耄，神往形留 。公殁不亡，尚其来享！”
附录：
（一）朱熹字号集录
朱熹，字元晦，后改字仲晦 。初名沈郎，小字季延、五二、五二郎 。自号晦翁、洞主晦翁、晦庵、促晦、仲晦父、仲晦甫、晦庵通叟、白鹿洞主、云壑老人、仁智堂主、牧斋、拙斋、茶仙、云谷壑吏、云台真逸、云谷老人、紫阳云谷老人、云谷晦庵老人、晦庵病叟、云台外史、云台子、乙巳云台子、云台隐吏、嵩高隐吏、鸿台外史、鸿庆外史、沧洲病叟、沧洲钓叟、遯翁、遯翁云台隐吏、空同道仕邹訢等 。
沋郎 据《福建通志》列传卷十二记载：“熹以建炎四年九月十五日午时于尤溪之寓舍，故幼名沋郎 。”
沈郎 据民国《建瓯县志》卷七《名胜》记载：“按文公生于尤溪郑氏义斋，尤溪本名沈溪，为避王审知讳，更名尤溪，故文公小名沈郎 。”
季延 朱熹小字季延，因南剑又名延平，而尤溪隶属延平 。清人毛念恃在《紫阳朱先生年谱》中曰：“文公名沈郎，小字季延，皆志其地也 。”季延之“季”为在兄弟辈中排行居三或最幼者的称谓 。
五二、五二郎 一说朱熹在同辈中排行五十二，故又乳名五二、五二郎 。民国《崇安县志》卷二十二《儒林》记载：“江永《朱子世家注》：小名沈郎，字季延，行五二 。”民国《尤溪县志》记载：“五二郎，文公乳名 。”一说，朱熹出生时，其祖母五十二岁，闽地风俗，以孙乳名为祖记岁，故名五二、五二郎 。朱熹胞妹朱心出生时，其祖母五十六岁，故小名五六娘 。

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