与此同时 ， 波尔多葡萄酒本身也在应对一种叫“葡萄黄化病”危机 。最初是在著名的梅多克产区发现的 ， 这是一种叫做白念珠菌葡萄炎的细菌制剂 ， 由于从北美进口的泰坦星叶蝉品种而引起问题 。该病最初的症状是生长迟缓、叶变黄、脓疱变黑、木质化受到抑制 。在第二个季节 ， 这些症状更加明显 ， 并且会使葡萄集群枯萎 ， 之后葡萄植株迅速衰退 。如果不能迅速消除 ， 这种疾病对波尔多的破坏性可能不亚于根瘤蚜 ， 因为它能在感染后3年内杀死葡萄 。
控制黄化病最有效的方法是控制载体的扩散 。目前 ， 信息素胶囊可用于扰乱叶蝉的交配 ， 并迅速清除任何藤蔓植物 ， 显示感染的植物有助于减少源植物 。对于葡萄品种而言 ， 一旦在葡萄体内系统性传播 ， 就无法治愈 ， 最好的保护措施是迅速清除感染物质 ， 防止受感染的葡萄或叶蝉从受感染地区进口 。波尔多的生产者和种植者正在密切合作 ， 立即解决这个问题 ， 因为这种疾病可能是灾难性的 。
目前影响欧洲的另一种有问题的疾病是埃斯卡真菌病害 。这种病被认为是由一些主干疾病引起的 ， 这些疾病导致葡萄生长迟缓 ， 树叶和水果变色 ， 产量下降 ， 破坏光合作用 ， 更严重的情况下 ， 整个藤蔓全部死亡 。它最著名的是受影响的藤蔓叶子上的斑点坏死图案 。意大利在广泛感染的情况下经历了一段特别艰难的时期 。埃斯卡并不总是灾难性的 ， 其严重程度因地区而异 。在处理这种疾病时 ， 种植者会发现很难维持有利可图的产量 。
一旦埃斯卡真菌进入葡萄藤就无法治愈 ， 所以摘除是最好的治疗方法 。在皮埃蒙特(Piedmont) ， 酿酒厂通过移除受感染的葡萄藤来对抗这种疾病 ， 以减少感染的传播 。通过修剪伤口的保护和苗木的热水处理可以控制埃斯卡真菌的蔓延 。埃斯卡可能非常轻微甚至致命 ， 对于葡萄种植者来说 ， 保持对该病症状的警惕非常重要 ， 因为早期发现至关重要 。
在世界范围内 ， 有几种病毒可以影响葡萄藤 。卷叶和扇叶是在欧洲和整个新世界影响葡萄园的两个最普遍的病毒 。尽管病毒本身很少导致葡萄树死亡 ， 但这两种病毒都会导致葡萄树的叶子变形 ， 并严重降低产量 。卷叶病毒可由葡萄藤粉虱或某些鳞片种类传播 ， 扇叶病毒可由匕首线虫、剑丝线虫指数传播 。这两种病毒都可以通过受感染的苗木更广泛地传播 。美国农业部的Peter Cousins博士致力于培育抗线虫的砧木 ， 这种砧木可以保护葡萄藤不受病毒的传播 ， 因为感染会导致农民的产量和利润大幅下降 。
这些疾病的控制与病媒的控制密切相关 。对于卷叶病毒来说 ， 控制葡萄粉虱的数量是非常重要的 。纳帕谷的一些葡萄园已经开始利用狗来嗅出休眠期间的昆虫 ， 并使用诸如Movento或applause等杀虫剂来治疗受影响的葡萄园 。对于扇叶病毒 ， 重要的是在种植准备过程中确保管理者选择了一种对单个国家发现的匕首线虫具有抗性的砧木 ， 因为不同国家的砧木之间的抗性是不同的 。在南非X指数中 ， 砧木的自由与和谐（Freedom and Harmony）对线虫的抗性最强 。对于已经感染了病毒的葡萄藤 ， 快速清除是减少传播的最佳选择 。
更普遍的广泛存在的常年问题包括真菌疾病 ， 比如在大多数主要葡萄生产地区影响种植者的葡萄孢菌病 ， 白粉病和Odium（霜霉病） 。这些疾病会导致水果结集、光合作用和水果成熟度的问题 。通过增加树冠内的气流、适当处理修剪材料、减少积水以及喷洒硫磺或杀菌剂(如Pristine或Kaligreen的) ， 它们可以得到缓解 。真菌疾病在潮湿的环境中尤其难以传播 ， 但几乎每个地区的种植者都会受到它们的影响 。感染的严重程度很大程度上取决于当地的气候 。

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