D:这个的价格大概会在多少钱？
小殷: 还没推出的功能 ， 暂时还没定价 。 不过相对人工服务 ， 还是非常便宜的 。
E:请问贵公司分子动力学的算法适用于DNA的模拟吗?
殷赋科技: 动力学是调用GROMACS等开源免费软件 ， 我们是在此基础上进行加工和拓展 。 GROMACS有适用于DNA的力场(Amber ff99SB等力场) ， 非常适合用来模拟DNA 。
ECD图谱制作 F:张老师 ， 问你个专业问题 ， 用SpecDis怎么对多个化合物的ECD图谱进行比较呢?还是需要用其它软件?
殷赋科技:这个过程需要操作的东西比较多 ， 待我细细道来：
假设有3个构象 ， gaussian计算结果文件为a-1.log、a-2.log、a-3.log 。 步骤如下：
1、建立3个文件夹 ， 如1、2、3 ， 将log文件分别放进去;
2、使用SpecDis的Tools ， 分别提取heat和spectra 。 此时 ， 得到了新的文件夹heat和spectra;
3、将heat文件夹中的*.heat文件复制到spectra文件夹中;
4、使用SpecDis中的sum spectra ， 选择spectra文件夹中的三个*.cd.bil文件 ， 点击Start ， 即得到复合曲线(玻尔兹曼平均图谱) 。
然后就是一般的比较过程了 ， 我们会在平台上实现此功能 ， 到时候就不需要如此麻烦的操作了 。
F:怎么对多个化合物 ， 比如手性拆分后的对应异构体的测量图谱和计算图谱放在一个图里面呢?
我现在就一步计算一个文件夹 ， 之前请教过您这个问题 。
我用这个只会比较一个拟合图谱和测量图谱,能不能对比多个拟合图谱和测量图谱？
殷赋科技:不建议用SpecDis来做图 ， 可以把图谱数据导出来 ， 用Excel或者其他软件来做 。
F:我也想过用Excel作图 ， 但是紫外校正和sigma值的调整怎么实现呢?
殷赋科技:点击右下角Plot settings ， 修改一下命名 ， 比如：

文章图片

殷赋科技:然后回到主界面 ， 点击右下角plot PNG 。 就会得到xy文件了 。 注意：这些文件需要校正 ， 所以 ， 你要记下来计算曲线对应的UV-Shift值和scaling factor值 。 在Excel作图的时候 ， 就将计算曲线的横坐标±Shift值 ， 纵坐标×或÷scaling factor值 。
F:我记得是不是还有一个sigma值 ， 就是调整峰款的宽？
殷赋科技:sigma已经用上了 ， 你在SpecDis上看到的曲线就是sigma的结果 。
F:那个EXCEL里怎么实现？
殷赋科技:所以 ， 不用再Excel里使用sigma 。
G:那么计算出来谱图纵坐标和实测谱图的Mdeg纵坐标 ， 是什么关系？
F:这个问题我还没弄明白 ， 还是请张老师回答吧 。
殷赋科技:我们忽略纵坐标单位就好 ， 因为做了scaling嘛 ， 计算曲线纵坐标的绝对值已经没有意义了 。
F:反正我看文献里面写啥单位的都有 。
殷赋科技:实验是啥单位 ， 图谱就啥单位 。
G:噢 ， 那就是只要趋势一样 ， 就行了吧？
【微信学术交流群之聊天记录（1）】F:对对 ， 就是这样 ， 我曾经用PS把一个图谱里的谱线复制到了另一个图谱里 ， 对齐坐标 ， 现在想想真傻 。
H：计算ECD怎么收费？
殷赋科技:现在人工服务4000起 ， 等平台上上线了自助计算方案 ， 就便宜了 ， 不过还没定价格 。
G:张老师 ， 我还有一个问题 ， 就是有的文献里计算一个 ， 再把结果镜像一个(偷懒了) 。 但是有的文献把一对对映异构体都算了 ， 最后ecd谱图还不是成镜像的?这是什么导致的?
殷赋科技: 偷懒的方法是肯定对称 ， 真正去算对映异构体的话 ， 因为构象搜索不如量化计算那么精确 ， 甚至如果你用的是随机算法 ， 产生构象就不对称了 ， 所以结果有偏差也不足为奇 。