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入群要求
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虚拟筛选相关 A:问一下 , 贵公司有没有关于虚拟筛选的在线培训课程?
小殷 :没有呢 。 不过今年平台会上线虚拟筛选功能 , 届时会针对此功能进行免费培训 。
A :哦哦 , 之前看过公众号的教程 , 哈哈哈 , 但是想系统学一下如何选择和使用分子库 。
殷赋科技 : 分子库大多使用商业库 , 主要看你们经费条件 。 尽量选择结构多样性良好的库 。 化合物库还需要经过一系列仔细的处理 , 包括:结构检查、加氢(质子化)、加电荷、能量优化 。 我们会在平台上提供这项功能 。
如果有版权 , 可以用MOE来处理 , 先wash , 再minimize 。 或者你手头有其他软件 , 也可以使用 , Sybyl、DS这些软件都有完善的工具 。 我们是使用免费开源的编程库来编写程序的 , 这方面恐怕难以传授 。 最好使用我们的平台 , 它是我们多年的技术经验的积累 。
A :谢谢啊 , 我参考你们的教程和paper , 可以做现有单个化合物模拟(模仿) , 但是还不太懂选择库 , 好的, 很期待 。
殷赋科技 : 你说的是两件事吧 , 一个是使用分子对接预测结合模式 , 另一个是虚拟筛选 。 前者不用选库啊 , 而是你指定若干个化合物 , 最好经过实验验证的 。 后者也是根据需要去挑选 , 比如想筛选有机小分子的 , 可以选Specs、ChemDiv、Enamine等库 。
B:第一个是反向筛靶的是么?就是指定化合物筛选其靶标?
殷赋科技:不是啊 , 也不是正向筛选 , 就是对某些感兴趣的化合物进行分子对接 , 去了解他们在蛋白口袋中的结合模式(方式)和相互作用情况 。
如果对编程感兴趣 , 我们也可以教授一些基础 , 用来处理日常工作 。 建议学习Linux和Python 。
A:好的 , 我对编程感兴趣 , 但是它对我不感兴趣 , 我先等平台吧 。
殷赋科技: Python很好学 , 当年我花了一个晚上就看完这篇《A byte of python》(建议学Python3):https://python.swaroopch.com/ , 我能学会 , 大家都可以 。
云计算平台 D:目前云平台可以进行什么分析 , 是免费的吗?还是如何收费的?
小殷:目前可做分子对接的vina与dock6方案 , 注册会送2张计算券 。 dock6方案80元/个分子 , vina60元/个分子 。
C:vina和dock6差别大么?
殷赋科技: 不同对接算法 , 打分也不同 。
D:目前有分子动力学模拟的项目吗?
小殷:打算今年开发 。
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