分居两年后的婚姻关系不会自动解除 。在我国婚姻关系只会因为双方办理了离婚手续或者一方死亡及被宣告死亡而解除；
而离婚需要提起离婚诉讼被法院判决离婚，或者到婚姻登记机关办理离婚登记手续，所以只是分居两年的，婚姻关系是不会主动解除的 。
【法律依据】

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《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼 。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚 。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形 。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚 。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚 。
【分居两年后的婚姻关系是就自动解除了吗】

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