南朝时，传国玺历经宋、齐、梁、陈四代更迭 。隋一统华夏，将传国玺收入隋宫 。
大业十四年（公元618）3月，隋炀帝杨广被杀于江都（今扬州），隋亡 。萧后携太子元德携传国玺遁入漠北突厥 。
唐初，太宗李世民因无传国玉玺，乃刻数方“受命宝”、“定命宝”等玉“玺”，聊以自慰 。贞观四年（公元630），李靖率军讨伐突厥，同年，萧后与元德太子背突厥而返归中原，传国玺归于李唐，太宗龙颜大悦 。
唐末，天下大乱，群雄四起 。唐天佑四年（公元907），朱全忠废唐哀帝，夺传国玺，建后梁 。十六年后，李存勗灭后梁，建后唐，传国玺转归后唐 。
又十三年后，石敬塘引契丹军至洛阳，末帝李从珂怀抱传国玺登玄武楼自 焚，传国玺就此失踪 。
明清两代，时有“传国玉玺”现身之鼓噪，然皆附会、仿造之赝品 。如明孝宗时，曾有人进献所谓“传国玉玺”，孝宗认定其为赝品而未采用 。至清初时，紫禁城藏御玺三十有九，其中一方即被称作“传国玉玺” 。而乾隆时，高宗皇帝颇好考据，钦定其为赝品 。但权且以假当真，聊以充数，亦无深究者 。
有关玉玺的失踪之说，现时有三种说法：
1.後唐末帝李从珂自 焚之时，玉玺便失踪 。
2.公元946年後晋出帝被辽太宗捕获之时丢失 。
3.传国玺是在元顺帝手上再度失踪的，元朝皇室曾有玉玺之记录 。
明军攻入元大都，「俘获诸王子6人，玉玺两枚，元成宗玉玺一枚，元朝共11个皇帝，其它皇帝玉玺均没有缴获 。」 据《二十五史纲鉴》载：公元1370年5月，明军横扫漠北直捣应昌之时，缴获元顺帝出逃所带到漠北的一批珠宝 。其中既没有元朝的诸帝之玉玺，又没有传国玺 。由於传国玺的下落不明，明、清两朝均没有传国玺 。是故明朝开国时，明太祖朱元璋有三件憾事，其中首件就是「少传国之玺」 。

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