为了编纂好这部巨书 ， 专门成立了一套责任分明、分工精细的领导班子 ， 设十名总裁总理其事 ， 分别由皇子、军机大臣和大学士来担任 ， 但他们基本上只是挂个空名而不理实事；并且 ， 于开馆当年 ， 刘纶、刘统勋、裘曰修都相继去世 。
刘统勋
而真正管理编纂业务的是总纂官 ， 总纂官由纪晓岚、陆锡熊、孙士毅三人担任 。而当时担任云南巡抚的孙士毅还是在乾隆四十五年五月才到馆 ， 由于当时他没有参劾贪赃枉法的云贵总督李侍尧 ， 获罪原拟发往伊犁 ， 乾隆帝认为其“学问亦优 ， 著加恩免其发往伊犁 ， 令在《四库全书》处 ， 自备资斧 ， 效力赎罪 ， 与纪昀、陆锡熊同办总纂事务 ， 以赎前愆” 。
因此 ， 实际主持编纂者 ， 只是纪、陆二人而已 。
《四库全书总目》
乾隆四十六年二月十六日 ， 纪昀修成《四库全书总目》二百卷 ， 分经、史、子、集四部 ， 又分四十四大类、六十五个子目 。
各部前写有大序 ， 各小类前又写有小序 ， 子目后面附有按语 ， 以阐明学术源流和分类立目原委 ， 并说明各书内容、作者生平或评论其得失 ， 十分系统地介绍了乾隆以前、尤其是元代以前存世的历代典籍 。
这部《总目》堪称是我国封建社会后期规模最大的官修目录 ， 对当时和以后的学术研究尤其是在目录、版本、校勘学等方面的研究 ， 产生了十分重大的影响 ， 直到现在 ， 依然具有十分重要的参考价值 。
乾隆四十七年 ， 纪昀又写出《四库全书简明目录》二十卷 ， 也是按照经、史、子、集四部分类 ， 各书只是写一简化提要 ， 包括卷数、作者、朝代和主要内容 ， 不包括存目书 。
鲁迅先生给予高度评价 ， 并在《中国小说史略》中讲到纪昀“总纂《四库全书》 ， 绾书局者十三年 ， 一生精力悉注于《四库提要》及《目录》中” ， 而且在给青年所开的有关中国文学阅读书目里 ， 把《四库全书简明目录》列为第一部必读的书 。
据《钱竹汀居士年谱》记载 ， 乾隆二十一年秋天 ， 乾隆皇帝去热河 ， 吏部尚书汪由敦、礼部侍郎裘曰修、左都御史董邦达等随驾扈从 。
乾隆皇帝在热河行宫接受百官朝拜的景象
乾隆皇帝命令纂修《热河志》 ， 汪由敦、裘曰修、董邦达三人推荐翰林院庶吉士纪昀和翰林院编修钱大昕担任总纂官 。同时汪由敦、裘曰修二人又保奏纪昀、钱大昕二人随从 ， 以便于就近了解采访 ， 乾隆皇帝答应了 。
这是乾隆帝首次允许以翰林院庶吉士、编修官阶如此低的官员伴驾扈从 。
《热河志》
这年的纪昀才三十三岁 。他们二人沿途恭和了许多首御制诗 ， 乾隆皇帝十分高兴 。从此以后 ， 在翰林院中便有了“南钱北纪”之称谓 。
《热河志》共八十卷 ， 分二十四个门类 ， 即天章、巡典、徕远、行宫、围场、疆域、建置、晷度、水区、山涵、学校、藩卫、寺庙、文秩、兵防、职官、宦迹、人物、食货、物产、古迹、故事、外记、艺文等 ， 每门又有题解 ， 书内还附有避暑山庄诸图 ， 送交武英殿刊刻 。

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