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硫化汞在朱砂中的主要作用是作为可溶性汞的载体，在古代能被相对准确地称量，而在科学技术高度发展的今天，量具精度大大提高，因此，有人认为既然硫化汞不被吸收，是无效成分，应该去除朱砂的硫化汞、以可溶性汞入药，当然这个观点值得探讨 。
朱砂的“无毒”与“有毒”之争已发展成为“宜用”与“禁用”，有人甚至质疑朱砂在方剂中的存在必要, 还有学者认为应淘汰朱砂作为内服药，只保留其作外用药 。但动物学实验研究显示，朱砂安神丸和去朱砂的安神丸，安宫牛黄丸和去朱砂的安宫牛黄丸的疗效是有差异的，也就是说，去除了朱砂后的中成药的疗效可能会大打折扣，当然朱砂能否从安宫牛黄丸中去除，尚需更多的实验依据 。
有动物实验发现，朱砂急毒剂量达24g· kg-1 (按体表面积折算为人日用量的约 300倍 )，对小鼠未见明显毒性反应，说明朱砂单次用药安全 。而在朱砂的长期毒性实验中，0.1 g· kg-1· d-1对大鼠连续灌胃3个月，实验组肾汞的含量明显高出空白组，血液生化指标有异常，肾脏和肝脏均可见与朱砂毒性有关的病理改变，其中，肾脏对朱砂更为敏感，在神经系统方面具有相似的药理作用 。以上药理实验表明，目前含朱砂的中成药短期使用是安全的，但是，长期超剂量服用则可能导致药物蓄积而影响肝肾功能 。

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在一些文献中有下述描述：朱砂在厌氧有硫的条件下，温度 37 ℃ 的暗环境中与带甲基的物质相遇均能产生甲基汞，而人体肠道正具备这一条件 。这种表述过于武断的，肠道菌可将体内甲基汞代谢为无机汞，但无证据表明无机汞如朱砂可被肠道菌转化为甲基汞 。
陈竺认为 ：中药大都采用含有数十种的多味药材组成的方剂进行治疗，这样的复杂药物体系给现代药理( 毒理) 评价带来极大的挑战 。如果将这许多组分组成的方剂视作为一个整体，先研究其在人体内的整体生物效应( 毒性)，明确疗效后再去看局部 。因此，应将含朱砂的复方制剂视为一个整体，用现代医学手段研究其药理和毒理作用和机制，不能只用朱砂( 汞)的含量来评价含朱砂中成药的药理作用和毒性 。
总之，朱砂的主要成分硫化汞不被人体所吸收，其少量可溶性汞是有效成分又是毒性成分，目前的研究表明，短期使用含朱砂的中成药是安全的，不必谈朱砂色变，就如对乙酰氨基酚过量可致肝毒性和死亡，但仍是临床上常用的解热镇痛药，关键在于合理使用 。当然，也要注意过量或久服可致蓄积性汞中毒，特别是肝肾功能不全的患者，更易产生中毒 。《中国药典》载“本品有毒，不宜大量服用，也不宜少量久服” 。
服用含朱砂的中成药时候，注意不要吃含碘的食物，例如紫菜、海苔等，也要避免食盐过量，因为会增加汞的吸收，更得汞中毒 。

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