将收获的种子用清水选种，去掉皮壳、渣滓和瘪子，待水沥干后摊在窖底，厚7x左右，上盖纯沙或排水透气性良好的腐殖质土250px左右 。种子贮藏后要经常检查，特别是在头两个月（5-6月），需每隔3-5天检查一次，发现霉变应立即将种子淘洗后与沙混合再贮藏 。在贮藏3-4月后（九月份左右），气温逐渐降低，可一个月检查一次 。病虫害防治黄连病虫害的防治坚持贯彻保护环境，维持生态平衡的环保方针及预防为主，综合防治的原则，采用农业防治、生物防治相结合，做好病虫害的预测预报和药效实验，提高防治效果，禁止使用国家禁用农药，将病虫害对黄连的危害降低到最低程度 。
1.白绢病（Sclerotium rolfsii Sace）症状黄连发病初期，地上部分无明显病症状，后期随着温度的增高，根茎内的菌丝穿出土层，向土表伸展，菌丝密布于根茎及四周的土表，最后在根茎和近土表上形成先为乳白色、淡黄色最后为茶褐色油菜籽大小的菌核 。由于菌丝破坏了黄连的根茎的皮层及输导组织，被害株顶稍凋萎、下垂，最后整株枯死 。
病源黄连白绢病一般以成熟菌核及菌丝体在土壤、被害杂草或病株残体上越冬，成为第二年发病的主要初侵染源 。据报道有的菌核在土中还能存活5、6年以上 。病菌可通过带菌种苗及带菌厮肥、水流传播，以聚合和菌丝体蔓延进行再次侵染 。发病与环境关系复土栽连白绢病的发生最重，熟土和二荒地栽连白绢病的发生相对较轻，林间（老山）栽连白绢病的发生与周围植被构成有关，十字花科、茄科等植物较多的林间栽连，白绢病的发生较重 。
地势低洼，雨后积水的黄连地比地势高、排水较好的黄连地发病重 。海拔低的相对海拔高的，发病期较长，表现病重 。荫蔽度70%与荫蔽度50%比较 。荫蔽度大的，易发病 。沙质土、酸性土或土壤湿度过高，有利于发病 。黄连地下雨之后的冲积土，土壤持水量高，构成有利于本病发生的土壤因素 。防治时间7-8月最佳防治期土表有白色菌丝时 。
农业防治：采收黄连后的土地可与豆科禾本科作物轮作 。实行熟土轮作栽培的，可用生石灰粉500Kg翻入土中进行土壤消毒 。棚块发病初期，可采用50%的石灰水浇灌 。发现病株，及时带土移出黄连棚外深埋或者焚烧掉，并在病害周围撒生石灰粉进行消毒 。生物防治：麦麸皮10kg，加水3kg，放在蒸笼里蒸1小时，待麦麸凉后，拌入哈茨木霉菌种250克，均匀即可使用，施在植株周围，使土壤中的木霉大量生长和繁殖，可大大抑制白绢病的发生和蔓延 。
可用25%多菌灵可湿性粉剂800倍液淋灌 。
2.白粉病症状黄连白粉病主要危害黄连叶子 。发病时如遇干旱，在黄连叶背面呈现红黄不规则病班，其上撒播小黑点，渐次扩大成大病斑，直径大小为2—25mm，叶的正面呈现黄褐色不规则的病斑，有时误认为日灼病，严重者迅速引起叶片枯死 。如遇潮湿，叶的正面有一层白色粉状物，叶背仍为一种红黄不规则病斑 。以后变成水渍状暗褐斑点，严重时叶子凋落枯死 。
轻者次年可生新叶，重者死亡缺株 。病源越冬后的黄连叶片残体上的白粉病子囊孢子是主要的侵染源 。发病与环境关系复土栽连白粉病的发生最重，熟土和二荒地栽连白粉病的发生相对较轻，林间（老山）栽连白粉病的发生与周围植被构成有关，壳斗科植物较多的林间栽连白粉病的发生较重 。温度高、湿度大、荫蔽度高的利于病菌生长 。防治时间5-6月 。
在3-4月锄第一次草时应仔细将上年留下的枯叶和一些老叶随之除去，以减少初次侵染源 。发病初期要及时将病株移出棚外烧毁，防止蔓延 。同时，对荫蔽度过大、积水较多的地块应根据黄连的生长状况调节荫蔽度，拆除边棚，及时排水，以降低湿度，减轻病害的流行和蔓延 。此外，采取适宜的种植密度，密度大有利于白粉病的发生，如在施肥充足的前提下，可采用7寸3兜的种植密度；调节荫蔽同时，对荫蔽度过大、积水较多的地块应根据黄连的生长状况调节荫蔽度，拆除边棚，及时排水，以降低湿度，减轻病害的流行和蔓延 。

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