但是非感染性腹泻发生的原因就比较复杂：因为喂养不当和过早添加辅食引起的食饵性腹泻、对牛奶蛋白或某些食物过敏或不耐受、或者气温变化受凉所致、小婴儿频繁调换不同品牌奶粉喂养、其它疾病并发的症状性腹泻、环境改变搅乱了原来的生活规律造成的 。  
食饵性腹泻：过早的添加辅食，例如，鸡蛋、谷类等 。世界卫生组织的建议婴儿6个月以后再添加辅食 。因为人类的肠粘膜屏障包括它的物理性保护机制（胃酸、粘液、蛋白水解酶、肠蠕动和粘膜表皮）以及肠淋巴组织、分泌性免疫球蛋白A、细胞免疫的免疫性保护机制，要到婴儿6个月时才能发育完善；而且消化酶系统也发育不成熟，过早的添加辅食，孩子不能很好消化；而且添加的食物的性状也不适应该年龄段的孩子食用；在短时期内频繁大量添加新的食品，加重消化系统的负担，引起胃肠道功能紊乱，造成孩子腹泻；过食生冷、食物杂乱，进食无规律，对于1岁以内的婴儿引起腹泻还有一个重要的原因，就是家长频繁的调换不同品牌的配方奶粉喂养 。国家规定了配方奶中必须强化的营养素品种，但在每种营养素的添加量上只规定了一个允许值范围，因此每个配方奶生产厂家根据国家的规定，结合自己的生产工艺、成本和市场的需求制定了自己的产品的配方 。同时有的厂家以母乳为蓝本，经过研发也添加了一些国家还没有规定，但母乳中存在的、对婴幼儿生长发育非常有益的营养物质 。并且每个厂家根据婴幼儿不同的发育阶段的特点研制和生产了一系列的配方奶粉，因此说每个厂家生产的配方奶与其它厂家是有区别的，因此频繁的调换不同品种的配方奶粉，很容易造成孩子消化道不适应，引起胃肠功能紊乱而发生腹泻 。尤其现在配方奶粉市场目前竞争十分激烈，一些人出于某种目的在网络等媒体上散布一些不负责任言论，误导一些不明真相的家长，也不顾小婴儿换奶粉需要循序渐进逐渐替换的原测，马上给自己的孩子换另一种品牌的奶粉，结果造成孩子胃肠道不适应，引起腹泻 。  
气候变化： 天气突然变冷，腹部受凉肠蠕动加快；暑天气温高，湿度大，可影响胃肠功能，降低消化液分泌，消化酶活力降低，也会引起腹泻 。  
症状性腹泻：小儿患上呼吸道感染、肺炎、中耳炎等肠道外感染时，因发热及毒素作用而使消化功能紊乱导致腹泻 。  
过敏性腹泻：婴儿在出生后的头几个月中，肠道的通透性较大，一直持续到3～4个月时 。加上消化蛋白质的酶系统也发育不成熟，造成进入体内的蛋白质未充分分解即吸收入血，引起胃肠道过敏反应 。小婴儿又缺乏分布于肠粘膜表面的保护性抗体——分泌性免疫球蛋白A，缺乏此类抗体可使肠道细菌在粘膜表面造成炎症，这样便加速了肠粘膜对异种蛋白吸收，诱发胃肠道过敏反应，造成腹泻 。一小口食品中的抗原量可能是母乳中同种抗原的1000倍 。过早添加辅食或者进食配方奶都有可能发生过敏反应 。过敏反应可分为速发型和迟发型食物过敏反应两种 。速发型通常发生在进食含有过敏原的食物之后2小时内，症状一般较重 。迟发型一般发生在进食后数小时或者数天后，症状相对较轻 。牛奶蛋白过敏者除了出现腹泻、腹痛、皮肤瘙痒、荨麻疹、湿疹外、还可以引起呼吸困难、血压下降等严重危及生命的表现 。对牛奶过敏的人还可能引起交叉性过敏反应：对羊奶、动物皮毛、肉、豆类与蛋类也可能过敏 。因此建议家长带孩子去医院诊断清楚，根据医生的意见再决定选用何种基质的配方奶粉 。牛奶过敏有一定的遗传倾向，尤其对于有过敏倾向家族史的孩子 。

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