核酸脂质纳米粒科普——超滤管规格

在上一期的核酸脂质纳米粒主题文章中 , 我们列举了后处理的步骤及细节 , 其中一项关键内容——超滤除溶剂——使用的就是市面上较为常见的超滤管 。 但看似相同的超滤管实际上有多种规格 , 通常以相对分子质量(Dal或kD)来标示 , 如10 kD、50 kD、100 kD等 。 数字越大 , 代表了滤膜的孔径越大 , 截留下来的物质分子量也相应更大 。
【核酸脂质纳米粒科普——超滤管规格】 在我们销售微流控仪器时 , 就经常会接到客户的提问:究竟多少规格的超滤管适合自己制作的核酸脂质纳米粒呢?同时 , 我们也发现 , 尽管有些客户包裹的是相似长度的核酸 , 使用的超滤管规格却完全不同 。 因此在这篇文章中 , 我们将通过计算来确定使用的超滤管规格 。
一般而言 , 为了保证我们需要的物质能够几乎完全被截留 , 选用的规格大小在目标物质的分子量的1/3甚至1/4较为合适(这是在蛋白组学、生物化学等领域的一个经验值 , 也可根据实际产物进行调整) 。 规格过大会导致大部分目标产物流失;规格过小则会导致超滤时间急剧增大 , 这对于在有机溶剂中不稳定的核酸脂质纳米粒而言是致命的 。
确定了规格大小和目标物质分子量之间的比例后 , 下一步需要确定目标物质的相对分子质量 。 在这里 , 首先需要明确相对分子质量(Mr )单位Dal与物质的摩尔质量( M)单位g/mol之间的关系 。 相对分子质量是该分子的质量与“一个12 C原子质量的1/12”的比值;摩尔质量则是单位物质的量的物质所具有的质量——看似非常绕 , 但实际上两者的数值是相等的 。 例如胆固醇的摩尔质量为386.65 g/mol , 而 一个 胆固醇分子的相对分子质量也为386.65 Dal , 其中不同就是摩尔质量是一个宏观整体的概念 , 而相对分子质量则需要确定对象的具体情况 , 对于核酸而言就是要确认组成核酸的碱基数量 。 在氮磷比计算 一文中 , 我们提到碱基的平均摩尔质量为330 g/mol , 所以一个碱基的相对分子质量为330 Dal 。
假设我们的mRNA具有n个碱基 , 则其相对分子质量为330n Dal , 如果我们希望这个值为超滤管规格的3倍 , 则意味着超滤管的规格不得大于110n Dal , 由此我们就可以得到下方一个简单的表格 。
核酸脂质纳米粒科普——超滤管规格
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由此我们可以看到 , 其关系直接明了 。在实际使用过程中 , 超滤管通常不会超过100 kD , 因此 , 只 要我们的核酸碱基超过909个 , 便可以使用100 kD的超滤管 。当然 , 为了保险起见 , 也可以使用50 kD超滤管 。需要注意的是 , 以上均以mRNA为例 。如果为短链siRNA , 通常在一个纳米粒中会有多个的siRNA链 , 因而在计算的时候要乘以相对应的数量 。
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核酸脂质纳米粒科普——超滤管规格
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