2002年，新疆维吾尔自治区将乌鲁木齐市天山区的乌拉泊街道和乌鲁木齐县的达坂城镇、东沟乡、西沟乡、阿克苏乡、柴窝堡乡划归乌鲁木齐市南泉区管辖，南泉区更名为乌鲁木齐市达坂城区，区人民政府驻地由鱼尔沟迁至达坂城镇 。当年，经国务院批准同意，新疆维吾尔自治区设立县级阿拉尔市（新疆兵团第一师）、图木舒克市（新疆兵团第三师）、五家渠市（新疆兵团第六师），这三个兵团城市都是2002年批准，2004年挂牌成立的 。

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2007年，新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州与乌鲁木齐市行政区划调整，撤销昌吉州米泉市和乌鲁木齐市东山区，设立乌鲁木齐市米东区，以原米泉市和乌鲁木齐市东山区的行政区域为米东区的行政区域 。米东区人民政府驻府前中路 。
2011年，国务院批准同意新疆维吾尔自治区设立县级北屯市（新疆兵团第十师，北屯市人民政府驻北屯镇团结路300号 。北屯市由新疆维吾尔自治区直辖，管理方式按有关文件规定执行 。
2012年，国务院批准同意新疆维吾尔自治区设立县级阿拉山口市，设立县级阿拉山口市，管辖艾比湖街道、阿拉套街道，市人民政府驻阿拉套街道天山西街8号 。阿拉山口市由博尔塔拉蒙古自治州管辖；批准同意新疆维吾尔自治区设立县级铁门关市（新疆兵团第二师），铁门关市人民政府驻兴疆路1号，铁门关市由新疆维吾尔自治区直辖，管理方式按有关文件规定执行 。
2014年，国务院批准同意新疆维吾尔自治区设立县级双河市（新疆兵团第五师），双河市人民政府驻红星二路9号 。双河市由新疆维吾尔自治区直辖，管理方式按有关文件规定执行；同意新疆维吾尔自治区设立县级霍尔果斯市，由伊犁哈萨克自治州管辖，霍尔果斯市人民政府驻陇海路3号；同意新疆维吾尔自治区调整图木舒克市与喀什地区疏勒县、疏附县、克孜勒苏柯尔克孜自治州阿克陶县行政区划，将喀什地区疏勒县巴合齐乡部分区域、塔孜洪乡部分区域，疏附县布拉克苏乡部分区域，克孜勒苏柯尔克孜自治州阿克陶县皮拉勒乡部分区域划归图木舒克市管辖，设立图木舒克市41团草湖镇 。
2015年，国务院批准同意新疆维吾尔自治区撤销吐鲁番地区设立地级吐鲁番市，撤销吐鲁番地区和县级吐鲁番市，设立地级吐鲁番市，市人民政府驻新设立的高昌区绿洲东路495号 。吐鲁番市设立高昌区，以原县级吐鲁番市的行政区域为高昌区的行政区域，区人民政府驻老城路街道老城东路690号，吐鲁番市辖原吐鲁番地区的鄯善县、托克逊县和新设立的高昌区；批准同意新疆维吾尔自治区设立县级可克达拉市（新疆兵团第四师），可克达拉市人民政府驻幸福路1号 。可克达拉市由新疆维吾尔自治区直辖，管理方式按有关文件规定执行 。
2016年，国务院批准同意新疆维吾尔自治区撤销哈密地区设立地级哈密，撤销哈密地区和县级哈密市，设立地级哈密市 。哈密市人民政府驻新设立的伊州区建国南路19号 。哈密市设立伊州区，以原县级哈密市的行政区域为伊州区的行政区域 。伊州区人民政府驻东河区街道广东路2号 。哈密市辖原哈密地区的巴里坤哈萨克自治县、伊吾县和新设立的伊州区；批准同意新疆维吾尔自治区设立县级昆玉市（新疆兵团第十四师），昆玉市人民政府驻昆玉大道玉枣路1号，昆玉市由新疆维吾尔自治区直辖，管理方式按有关文件规定执行 。
2019年，国务院批准同意新疆维吾尔自治区设立县级胡杨河市，胡杨河市人民政府驻光明东路8号 。胡杨河市由新疆维吾尔自治区直辖，管理方式按有关文件规定执行；新疆维吾尔自治区撤销库车县设立县级库车市，以原库车县的行政区域为库车市行政区域，库车市人民政府驻新城街道办事处文化东路150号 。

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