一是在编人员是属于国家干部管理体系的人员，也就是属于事业单位第一梯队的黄金编制，在这种情况下，对于领导干部的选拔或者是相关人员的提拔都是优先从在编人员中选择的 。
而编制备案制人员虽然待遇与在编人员相同，但是本身的身份还是略微有差异的，而且目前属于探索实施当中，提拔晋升空间非常有限 。
二是在人员流动性方面，事业在编人员原则上是具有全国范围内正常流动的前提 。因为编制备案制本身是在单位的编制备案，所以离开单位本身，编制备案制人员并不属于在编人员 。
这也就是说，编制备案制人员只在其所在单位属于“在编”人员，离开自己的单位就会失去其本身的“编制福利” 。
而事业在编人员是统一按照事业单位管理条例来进行的，原则上是可以在全国范围内自然的流动 。简单的讲，事业在编人员可以自然地实现调动，而编制备案制人员只存在于其所在单位中 。
所以归结起来就是一个大区别：在同一个事业单位内部，因为现阶段是同工同酬，所以，编制备案制和事业编制人员并没有太大的区别 。
但是如果脱离单位，事业单位在编人员是属于事业编制人员，可以调入其它事业单位中，而且职称和岗位级别都是得到保留的，所以，事业编制仍然是事业编制，有着事业单位管理条例等相关法律的严格保障和规定 。
而编制备案制人员如果离开单位，则就不具备在编人员的这种特性，只能在单位内部发展晋升 。所以，编制备案制实施的主体是单位，而事业编制是具体到个人，人员与编制是一一对应的 。

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现阶段，编制备案制和事业编制都是事业单位人事管理的主要制度 。对于绝大多数普通的人员来讲，这两者并没有实质性的区别，能够跨入到编制备案制的工作岗位，也是半个脚已经踏入了体制内，属于财政供养人员范围 。
而在未来，编制备案制人员必将会成为事业单位人事管理的主流方式，在那个时候，编制备案制可能会实现全国范围内的正常流动 。
而事业编制将会成为一种历史性的事物而存在，但是这将会是很长的一段时间，不会在短期内实现 。
所以，对于准备进入或者正在编制备案制岗位工作的人员来讲，如果能够在本职的岗位上发挥重要的价值，工作的状态是好的 。
那就没有必要在意事业在便于编制备案制的区别，因为在全国，绝大多数地方编制备案制人员与在编人员的待遇是完全一样的 。

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