慢性菌痢需与下列疾病鉴别：
(1)慢性溃疡性结肠炎：病程长，抗菌痢治疗无效 。肠镜检查可见肠粘膜有广泛出血点或溃疡，粘膜脆性强易出血 。晚期钡剂灌肠X线检查，可见结肠袋消失，结肠变短，管腔变小，可见狭窄区 。
(2)直肠或结肠癌：发生于40岁以上者较多，常见血便或脓血便，随后出现腹泻、体重减轻、贫血等表现 。做直肠镜、乙状结肠镜及活体组织检查可确诊;高位者需行钡灌肠X线检查或纤维结肠镜检查 。
(3)慢性血吸虫病：有流行区河水接触史，肝脾多肿大，血象嗜酸粒细胞增多，血清环卵沉淀试验阳性，粪便孵化沉淀检查有毛蚴，肠镜检查直肠粘膜充血水肿，肠粘膜活检可见血吸虫卵 。

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细菌性痢疾和一般拉肚子的区别痢疾是一种疾病，拉肚子即腹泻则是一种症状 。痢疾一般情况下会引起拉肚子的症状 。生活中会把两者搞混，但事实上两者有区别 。“拉肚子”不一定就是痢疾，也可能是单纯的吃坏了东西 。引起腹泻的原因很多，而且各种疾病所引起的腹泻的症状也不同，严重甚至可危及生命 。所以，出现腹泻—定要引起重视，不能简单地吃点药了事，应请医生检查，明确病因，才能正确有效地治疗 。但如果腹泻的同时伴有腹痛、全身不适、发热、炎症刺激等症状时需要警惕或是细菌性痢疾在作祟 。痢疾杆菌感染所引起的是细菌性痢疾，细菌存在于痢疾病人和带菌者的大便中，通过污染的手、水、食物等，经消化道侵入易感者 。该菌有较强的侵袭力，可产生内毒素，有的还可以产生外毒素 。细菌侵入肠上皮细胞后，在细胞内繁殖，引起粘膜炎症反应，可导致细胞变性、坏死、脱落，形成浅溃疡 。内、外毒素侵入血液，还可以引起全身中毒症状 。

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确诊细菌性痢疾的常见检查项目1、血常规
血常规是指通过观察血细胞的数量变化及形态分布从而判断血液状况及疾病的检查 。急性菌痢患者做血常规，白细胞总数和中性粒细胞比例呈轻至中度升高 。慢性菌痢患者做血常规，可有血红蛋白低等贫血的表现 。
2、大便常规
便常规检查主要是对大便中的白细胞、脓细胞、红细胞以及寄生虫卵的数量检查，如果数值多于或者少于正常数值，就可能出现了病变细菌性痢疾典型者，外观为鲜红黏冻状的稀便 。镜检可见大量脓细胞(每高倍镜视野白细胞或脓细胞≥15个)和红细胞，并有巨噬细胞 。
3、粪便培养
细菌培养是一种用人工方法使细菌生长繁殖的技术 。粪便培养志贺菌阳性可确诊 。
4、特异性核酸检测
应用聚合酶链反应(PCR)和DNA探针杂交法可直接检查病原菌的特异性基因片段，灵敏度高，特异性强，有助于早期诊断 。
5、血清免疫学检查
血清免疫学检测，是主要的免疫学检查 。血清因子都在一定的范围内，和正常值呈阴性 。用免疫学方法检测细菌或抗原有助于菌痢的早期诊断，但易出现假阳性 。
6、肠镜检查
肠镜检查是经肛门将肠镜循腔插入至回盲部，从黏膜侧观察结肠病变的检查方法 。肠镜检查几乎可以满足全部结肠区域的检查需要 。急性菌痢患者肠镜检查可见肠黏膜弥漫性充血、水肿、大量渗出液，有浅表溃疡 。慢性患者肠黏膜呈颗粒状，可见溃疡或息肉，并可取病变部位分泌物作细菌培养 。

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