但是直到1453年土耳其人攻陷君士坦丁堡之后 ， 马耳他骑士团与欧洲之间的联系被切断 ， 所以不得不放弃罗得岛 ， 前往欧洲避难 。 1530年 ， 教皇克雷芒七世的帮助下 ， 马耳他骑士团最终得以迁往西西里王国的马耳他岛定居 。

但随着欧洲教权的衰落 ， 以及法国拿破仑的崛起 ， 马耳他骑士团遭到拿破仑军队的洗劫 ， 并被强制解散 ， 所以马耳他骑士团再一次遭遇灭国 ， 而且这次灭国之后再也无法复国 。

在二战结束后 ， 马耳他骑士团原本以为英国衰落后 ， 自己光复国土的时机就到了 ， 但可惜的是还是晚了一步 。 1974年 ， 马耳他岛上的原住民宣布独立 ， 建立了马耳他共和国 。 由于马耳他岛的原住民世代都居住在这个岛上 ， 所以他们的主权诉求明显比马耳他骑士团更合理 。