gct考试很容易 gct考试是什么考试(11)


效果图如下:

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《Graphpad,经典绘图工具初学初探》一文中介绍了graphpad入门的基础知识,基本操作可以单击回看 。最近使用graphpad发现其多图排版功能十分强大,不仅可以实现多个图形排版还能实现图层叠加 。上面这个图的作图思路也就是把该图拆分为两部分,Enrichment score和基因位置分布条带图 。
在GSEA分析结果文件夹里随便找一个感兴趣的GO条目分析结果Excel表,作图需要提取的信息即图中标黄的部分,RANK IN GENE LIST和RUNNING ES 。

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加工一下已有数据,添加一列high取值都为0.1,设置高度,黄色部分的数据就是用来绘制基因位置分布条带图的;绿色部分用来绘制动态的ES评分曲线 。

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打开graphpad之后,我们在XY类图下选择Enter and plot a single Y value for each point,将两部分数据分开粘贴到软件不同数据表格中(如下图左侧所示),下图中间展示两个图选择的不同绘图方式,调整参数后最终得到右侧的结果 。

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在左侧目录树处点击layout创建一个图形排版界面,将Graphs下的图形复制粘贴到layout1下,拖拉移动位置很快就能将两部分图对齐 。

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之后用同样地方式画另外一个富集结果,粘贴到layout1中便得到最开始展示的图 。
注意:设置X轴的范围是1到总排序基因数,Y轴是0到多个富集分析得分的最大值 。
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