殷赋科技:让DS处理吧 。 用UCSF Chimera的Prep Dock就可以处理 ， 我们平台也会自动处理蛋白 ， 生成的mol2文件就含有质子化氢和偏电荷(partial charge) 。
F:你用什么做QMMM?
A:你好 ， 我用的ds@F 。 下载的pdb晶体里面有一个配体很大 ， 为了对接 ， 清理蛋白质的时候定义活性位点设定的半径要不要相应增大啊?

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G:不知道具体的结合位点?
A:我就选中的原来配体设定的半径 。
H:原来的配体就是活性位点 ， 一般半径设置10左右吧 ， 半径太大的话对接时间会长 ， 另外结果不准确 ， 当然半径太小会对接不进去 ， 可以适当调整 。
A:你好 ， 我看教程也是说半径设为10但是10的话我看无法全部包括原来的配体分子啊 。
H:你可以适当增大 ， 12也可以 。
I:你们用的什么软件?我之前对接一个蛋白 ， 用的原配体口袋 ， 对接我的化合物打分挺高的 ， 可是作用的氨基酸跟文献差好多 ， 这正常么?
A:ds ， 我主要是现在想要选一个好的晶体 ， 把自带的配体对接回去和本身的配体重叠查看一下rmsd值 。
G:就是对接出来的结果不是那么准确吧 。
A:好多晶体对接回去都不好 ， 我现在调大点半径试试 ， 先对上再说 。
I:我之前用薛定谔对接的效果不错 。
A:我感觉你那种情况好像也挺正常 ， 这种对接也不怎么准 ， 尤其是ds 。
I:后来用的DS对接效果一般 ， 但是作用的蛋白跟我用薛定谔对接的差不多 。
A:薛定谔好像是更靠谱一些 。
I:做起来挺慢的 。
A:你们有薛定谔的教程吗?
I:我是跟别人学了两天 ， 也没太搞明白 。 原来学校有个课题组做这个方向的 ， 我毕业走了 ， 我们学校开始开的计算机辅助药物设计这门课了!
QSAR叠合构象 R:请问 ， 做QSAR分子叠合的时候 ， 有些叠合的不好该怎么搞呢 ， 明明都差不多 。 殷赋科技:你指的是QSAR模型的预测能力不好吧?如果叠合不整齐 ， 手动调整咯 。
R:你是说调训练测试集嘛?
殷赋科技:你是说结构叠合得不好(不整齐)吗?还是叠合后做出来的模型预测能力不好?
R:叠合出来的预测能力还行 confa的0.6几 ， comsia的有0.7几 ， 就是叠合的不整齐 。
殷赋科技:截图看如何不整齐 。

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殷赋科技:你是不是认为有部分结构应该左右反过来叠合才算整齐?
R:反倒是没反 。
殷赋科技:那就没问题啊 。
G:这是什么软件啊？
殷赋科技:SYBYL 。
R:有几个明明就一点差别 ， 但是叠合出来就重合的不好 。
殷赋科技:那是构像问题了 ， 它已经尽力了 ， 但叠合是刚性的 ， 构像如此 ， 它也很无奈啊 。 调整构像呗 ， 可以用你认为合适的某个化合物来构建相似结构的结构 ， 构像就接近啦 。
殷赋科技:或者产生大量构像 ， 然后用算法去挑选 。 我不知道SYBYL里边有没有这个功能 。
R:我刚看了教程找到了你说的利用构象搜索去挑选叠合构象@殷赋科技?感谢你的提醒 。
虚拟筛选 S:导师让我做虚拟筛选这块儿(学autodock)， 但是没有头绪 ， 我也不怎么会python ， 请问有这方面的课程么?
殷赋科技:我们博客上有个脚本 ， 可以用用 ， 不过 ， 并不建议新手去用脚本做筛选 。 因为计算不是问题 ， 问题是没有经验的人的命中率很低 ， 浪费的是买化合物做实验的钱 。