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入群要求

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【微信学术交流群之聊天记录（4）】入群流程
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以下是小殷整理的微信群聊天记录 ， 若觉得有用 ， 请点“赞” ， 谢谢 。
Docking
A:用的cdocker将晶体复合物的配体对接回原来的蛋白质重合度不好啊 ， rmsd也比较高 ， 请问大家对接时受体蛋白加力场吗?
B:参数没设置好吧 。
C:要分析原因哦 。
(1)是所有对接计算出来的pose都不好?
(2) 还是打分最好的那个不好 ， 打分差的反而好?
(3)还是根本没有生成活性构象 。
如果生成了活性构象 ， 而打分函数没有把他挑出来 ， 说明打分函数有问题 ， 需要换一个打分函数 。 如果根本没有摆出正确pose ， 需要改变搜索策略 。 或者干脆换软件 。
活性预测 D:我现在自己做小分子活性预测的深度学习 ， 在建模的过程中有个问题 ， 训练集多少比较合适?
C:深度学习以不过拟合为准 ， 同一个靶标的QSAR估计你要几千个数据点 ， 我做过的都有6000 ， 7000,8000或更多以上 。
D:这个训练集您是以什么标准筛选的 ， 有什么数据库吗?
C:开源的有pubchem,chembl,bindingdb 。
D:他的活性值在这些数据库都有吗?需要爬虫下来?
C:不需要爬虫啊 ，直接可以按靶标搜索 。
E:现在什么靶标比较火呀 ， 我也做的深度学习的 ， 描述符有很多 。
殷赋科技:不应该选经典成熟的靶标么?
E:用二维描述符+卷积神经网络 。 哪个靶标有一万以上的小分子呢?
C:毒性 ， 代谢是所有药物上市前都研究的 ， 这些靶标比较多 ， 比如hERG 。
蛋白处理与分子对接 A:请问如果是锌结合的抑制剂对接完成后做QM/MM除了将配体 ， 锌离子以及与锌离子直接相连的三个氨基酸设为QM区 ， 那些与配体成氢键或是pi作用的氨基酸也要设为QM区吗?
E:是的 。
A:还有请问对于配体的电荷怎么看啊?比如一个羧酸分子 ， 是0吗?
E:羧酸有H吗?有H就是0 。
A:请问什么叫有氢吗?我加了charmm力场 ， 羧酸那个O上面没有H 。
E:那是-1 ， 你的qm是dft还是dftb?
A:我不懂 ， 怎么看啊?我是在ds里做的 。
E:我以为你是qm/mm/md!
A:不是 ， 没有做分子动力学 。 你好 ， 我的配体就是这样的 。

文章图片

A:这个就算做-1是吗?还有请问组氨酸电荷是不是+1呢?我天冬氨酸按照-1算的 。
E:HID ， HIP还是HIE?看你质子化情况 。
A:HIS 。 怎么看质子化啊?我是小白就是按教程做的 。