但是，另有一个观点认为，这部百科全书和整个启蒙思想对法国大革命的影响是完全被夸大了的 。把《百科全书》当作摧毁旧制度的思想武器，莫非是说在历史上真的有过广大民众研读这部著作，用它来武装自己头脑？美国历史学家罗伯特·达恩顿（Robert Darnton）是持这样一种观点的主要代表人物，影响了包括欧洲学者在内的许多历史学家 。例如，法国历史学家雅克·索雷在《拷问法国大革命》一书中就写道：“罗伯特·达恩顿早在1971年就提出，将启蒙思想看作革命意识形态的经典理论已经过时 。他指出，启蒙的精英主义根本无心颠覆社会，它承载的是一种开明的改革计划，主张保留而非摧毁等级制度 。达朗贝尔赞同各层级间要有清晰的界限，并要求尊重出身带来的先天优势 。在《哲学辞典》（Dictionnaire philosophique）中，伏尔泰把启蒙主义者和‘有特权的灵魂’联系在一起，与‘资产阶级家庭’的思想相对立 。就像德尼·里谢（Denis Richet）看到的那样，18世纪的自由主张充满了贵族味道 。”[21]
但是，评估一个思潮或一部著作在特定历史和社会环境中是否有批判性，或者是否起过什么破坏或颠覆作用，是不能以它的阶级或阶层属性（即便有可能确定这种属性）为依据的 。法国《百科全书》究竟具有怎样的历史重要性（主要当然是指它对旧制度秩序的破坏和颠覆）？对这个问题的两种不同回答其实并不像看上去那么对立 。第一种看法认为这部百科全书对颠覆旧制度贡献甚巨，这是从它的革命性理念（要理性不要迷信）着眼的 。这一看法认为，这是《百科全书》的原则问题 。第二种看法认为这部百科全书对破坏旧制度无甚贡献，这是从它与旧制度的妥协着眼的，强调的是启蒙哲人对待实际问题的温和态度（如君权体制、精英与民众的关系、改革要求，等等） 。
其实，颠覆和妥协是同时存在的，并不矛盾 。《百科全书》的这种两面性也是启蒙思想的两面性 。莫尔内在《法国革命的思想起源》中指出，启蒙哲人在原则问题和实际问题上的表现是不同的，他们在原则问题上——以理性取代迷信和反对一切非理性或排斥理性的权威，必须用启蒙来改变民众的愚昧思维方式——是大胆而明确的，但是，“当从原则问题转向实际问题时”，与在政治问题上一样，《百科全书》表现得“畏畏缩缩，甚至自相矛盾” 。[22]
狄德罗在“百科全书”（Encyclopédie）词条中说，百科全书的目标是“改变民众的思维方式” 。[23]他和同道者们要提倡的是一种与天主教耶稣会不同的世俗化学说 。《百科全书》要包含世界上所有的知识，并向公众和后代传播这些知识 。[24]从一开始，这部著作的构想就已经包含了批判和改变现有知识结构与性质的目的 。那就是“理性”和一种可以由人的理性，而不是神意或意识形态指示来客观检验的知识 。这是一种去除愚昧和迷信的知识 。
在由于民众愚昧而得以存在并苟延残喘的专制制度中，敦促民众不要愚昧，致力于将他们从愚昧中唤醒，告诉他们如何从愚昧中醒来，这种启蒙本身就是对现有制度的根本打击和颠覆 。它能够针对具体的问题固然很好，但如果由于受到权力的压制和威胁而无法直接针对具体问题，那也没有什么 。它同样能有客观的社会批判作用 。只要民众能够明白如何改变思维方式，知道如何换一种眼光来看待事物，他们自然就会对具体问题有不同于以前的新看法，想阻挡也阻挡不住 。
1989年，加州大学伯克利分校和洛杉矶分校举办了法国《百科全书》的展览，加州大学教授克劳琳达·多那陀（Clorinda Donato）在随后出版的《百科全书和革命的时代》一书中强调的正是这样一种从理性思考原则上（而非如何看待具体问题）的批判价值 。她写道，“百科全书派学人成功地论述和推行了他们的理性和联合知识（unified knowledge）信念，以此让人的意志获得力量，并帮助形成了法国革命将要应对的问题”，尽管“那些手艺人、干技术活或出劳力的人们未必阅读过《百科全书》……但他们一旦觉得自己的工作与知识者、僧侣、统治者同样重要，这种认识就会形成一种新的力量基础，最后促成旧价值的崩溃，造就新价值的建立” 。[25]

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