今天 ， 我们知道土壤所散发出的“泥土”气味通常正是由这种细菌引起的 。 放线菌是分解土壤中有机质的主要群体之一 。 尽管这种“泥土”气味并没有正式的定义 ， 但是说明放线菌在分解过程中生成的代谢产物是非常独特的 ， 与那些用来制作具有特殊气味的奶酪的细菌是一样 。
瓦科斯曼一定是非常喜欢放线菌赋予土壤的那种气味 ， 他对于这种奇怪细菌的兴趣与日俱增 。 他继续攻读伯克利加州大学的土壤微生物学专业并获得了博士学位 ， 然后在1918年第一次世界大战结束时返回了新泽西州 。 虽然他之前的一位导师在罗格斯农场给他提供了一个微生物学家的工作岗位 ， 但在薪水方面差强人意 。 后来瓦科斯曼在农场每周工作一天 ， 其他工作日在高峰制药公司研究一种新开发的叫作撒尔佛散（Salvarsan）的药物 ， 这种药物可以杀死导致梅毒的细菌 。 尽管这是一种突破性的药物 ， 但是撒尔佛散毒性较强 ， 这是由于它来源于一种以砷化物为原料的染料 。 瓦科斯曼的工作就是验证撒尔佛散对于人体细胞的毒性 。
到了20世纪20年代早期 ， 经济开始好转起来 ， 罗格斯大学为瓦科斯曼提供了一个助理教授的职位 。 他辞掉了高峰制药公司的工作 ， 致力于研究放线菌 。 他的实验室设施破败不堪 ， 远远不及他刚离开的制药公司的商业实验室 。 在没有研究生也几乎没有助手的情况下 ， 瓦科斯曼只能靠仅有的简陋科研条件开展研究工作 ， 并艰苦地写出了土壤微生物学的第一本教科书 。

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电影《天外来菌》（2008）剧照 。
如果在接下去的几年中没有发生科学史上两个重大事件 ， 瓦科斯曼很可能仍然坚持研究土壤中的放线菌 。 在他的教科书出版一年后 ， 弗莱明发现了青霉素 。 虽然青霉素是来源于真菌而非细菌 ， 但毕竟也是来源于自然的 。 第二个事件来源于雷内?杜博斯（René Dubos）的研究工作 。 这是一位精力旺盛的法国人 ， 他在20世纪20年代中期是瓦科斯曼的一位研究生 。 杜博斯研究了细菌是如何分解纤维素的 ， 而对细菌酶而言 ， 纤维素是植物组织中最难分解的一种 。 这种研究工作 ， 为杜博斯在洛克菲勒学院后续的研究工作奠定了完美的基础 。 他在洛克菲勒学院的研究项目就是寻找能够破坏某种肺炎病原菌多糖保护层的物质 。
在当时 ， 人们依旧没有完全明白 ， 为什么将患病死亡的人或者动物的尸体掩埋于土壤中之后在尸体中只能发现很少的病原体 ， 或者几乎不存在了 。 这是由土壤环境不适合于病原体生存而引起的吗？或者 ， 会不会是生活在土壤中的微生物杀死了病原体呢？我们之前提到过的洛伦茨?希尔特纳和艾伯特?霍德华爵士发现这个现象在植物界基本属实 。 他们观察到 ， 在充满非病原微生物的土壤中 ， 病原微生物难以生存 。 不久后 ， 瓦科斯曼和其他研究者期望在土壤中找到可以抵抗人体中病原体的化合物 。
【我们应该如何看待微生物？人类与病原体的交锋】在这些科学发现的背景下 ， 瓦科斯曼发现 ， 他在土壤微生物学方面所掌握的基础理论让他能够从一个独特的角度在土壤学和医学之间搭建桥梁 。 土壤微生物所产生的化合物可以用作医学目的吗？他的探索之旅会有收获吗 ， 抑或是大海捞针似的徒劳无功呢？
他和他的研究生一开始是大范围地审视所有的真菌和细菌 ， 包括放线菌 。 在初期实验的基础上 ， 瓦科斯曼的团队很快就放弃了其他的菌类 ， 唯独留下放线菌 。 1940年 ， 瓦科斯曼的一个研究生找到的一种化合物引起了他们的兴趣 。 他们把它命名为放线菌素 。 但是看上去有希望 ， 也并不代表真正有效 。 后来的实验证实 ， 放线菌素拥有过于强大的杀伤力 。 就像它可以轻易地杀死致病菌 ， 它同样也可以轻易地杀死实验动物 。