它最基本的概念构建在一个思想实验上： 缸中之脑 。 既然人类所有的感觉、体验 ， 本质上都是大脑中的神经电信号 ， 那么 ， 将一个大脑放入缸中 ， 用超级计算机传递电信号 ， 大脑是不是无法分辨 ， 他所体验的到底是真实世界 ， 还是计算机制造出来的虚拟现实？
在电影里 ， 尼奥躺在培养缸里 ， 完全就是这个思想实验的视觉化版本 。 《黑客1》的主题 ， 是“何谓真实” ， 讲述一个洞穴寓言 ， 这在商业电影中已经非常难得 。
而《黑客帝国2：重装上阵》（The Matrix Reloaded? ， 2003） ， 并没有局限在这个层面 ， 而是将第一部已经埋好的概念进了一步 ， 讨论的是自由意志和宿命论——一个商业电影不但讨论哲学 ， 在续作中居然讨论的是不同的哲学 。

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《黑客帝国2：重装上阵》（2003）
直到尼奥见到了“建筑师”（Architect） ， 才发现一路走来 ， 他的选择是已经被决定的 ， 这实际上用一个很小的桥段就表示得很清楚 ， 锁匠在临死前交给尼奥一把钥匙 ， 告诉他使用这把钥匙可以通向源代码 ， 但是没有告诉他是哪扇门 。
他的最后一句话是“你知道是哪扇门” 。 实际上这里的真正意思是 ， 尼奥无论选择哪扇门 ， 都是命中注定 ， 他注定会进入源代码 。
建筑师房间内那一面墙的电视 ， 每一个屏幕都代表一个可能世界中的尼奥 ， 但是他告诉尼奥 ， 他只有两扇门、两个选择 。 在这里 ，宿命和自由意志的冲突 ， 被形象地表现了出来 。
《黑客帝国3：矩阵革命》（The Matrix Revolutions? ， 2003）同样也没有止步于重复前作：尼奥和史密斯的对决 ， 最终史密斯“中和”了尼奥反而被毁灭 ， 这是毫无疑问的东方哲学观念： 阴阳相生 。尼奥和史密斯都是系统的bug（故障） ， 但是两个bug的结合却升级了系统 ， 光明与黑暗 ， 阴与阳 ， 永无止境的螺旋形上升 。
能做到每一部作品都有新的哲学思考 ， 难怪有大量哲学家会专门撰文讨论 《黑客帝国》系列带来的思考 。
从世界构建的角度 ， 《黑客帝国》系列也是非常具有突破性的 ， 重点在于 这个矩阵内外的二重世界 。
在第一部中 ， 尼奥醒来 ， 第一次看见这个世界的真实样貌 ， 那是最原始的认知冲击 。 甚至沃卓斯基姐妹在视觉上也做出了一个非常有趣的设定：矩阵之内 ， 世界是绿色的；矩阵之外 ， 世界是蓝色的 。

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《黑客帝国》（1999）
在《黑客1》中 ， 我们看到了巨大的人类养殖农场 ， 以及永无止境的地下管道；到了《黑客2》 ， 锡安城真正的模样出现了；到了《黑客3》 ， 我们又看到了机器城市 ， 以及乌云遮罩之上的天空——或许那并不是真正的天空 ， 而是另一层虚拟世界 。
沃卓斯基姐妹在电影中埋下的各种情节桥段 ， 都刻意进行了模糊处理 ， “锡安是真实世界还是另一层矩阵”这个问题 ， 直到20年后 ， 仍然有人为此争论不休 。
在这里还必须提到的另一系列杰作 ， 是《黑客帝国动画版》（Animatrix） ， 沃卓斯基姐妹邀请日本动画导演制作的《黑客帝国》世界观下的短篇集 。
这些短片 ， 既有前史性质讲述人类与机器战争的《二次复兴》 ， 也有讲述矩阵中觉醒人类的《少年故事》《世界纪录》 ， 还有讲述人类反抗军的《矩阵化》《程序》 ， 每个短片都拓展了黑客帝国世界观 ， 让整个世界构建更加庞大 ， 也更加生动 。