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4、RNA-seq分析HPH中的lncRNA表达谱
通过lncRNA-seq分析了两组lncRNA的表达情况 。 共有111个lncRNA在HPH组中显著差异表达 ， 其中90个上调 ， 21个下调 。 同样预测了这些差异表达lncRNA临近基因的功能 。 GO分析显示 ， 差异表达基因主要与免疫效应过程、囊胚形成、、和细胞器膜固有成分显著相关 。 此外 ， KEGG通路分析显示 ， 主要参与抗原加工呈递、内吞和吞噬作用以及Wnt信号通路 。 总之 ， 这些结果表明 ， HPH中差异表达的lncRNA可能与HPH发病机制相关 。

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5、lncRNA甲基化与表达的关联分析
为了探究lncRNA甲基化与表达之间的关系 ， 对m7G MeRIP-seq和lncRNA-seq数据进行了联合分析 。 重点研究了两组间均有的767个m7G lncRNAs的表达 ， 以分析缺氧对m7G甲基化修饰的影响 。 与对照组相比 ， HPH中发现了189个高甲基化和155个低甲基化的m7G lncRNA ， 且m7G-lncRNA所占比例大于非m7G-lncRNA 。 这些结果表明 ， 在缺氧条件下 ， m7G修饰显著上调了lncRNA的表达 。 联合分析显示 ， 只有两个表达上调的lncRNA被高甲基化 ， LOC102554730（XR_591973）和LOC102555374（XR_592398） 。 通过构建ceRNA网络 ， 发现预测的这六个miRNA均与肺动脉高压相关 。

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6、缺氧肺动脉平滑肌细胞中m7G XR_591973和m7G XR_592398表达上调
为了进一步证实这一结果 ， 作者验证了两种差异表达的m7G lncRNAs在缺氧(1% O2)和常氧(21% O2) 肺动脉平滑肌细胞中的表达 。 通过MeRIP-PCR技术检测lncXR_591973和lncXR_592398是否经m7G修饰 ， 结果显示m7G lncXR_591973和m7G lncXR_592398水平显著升高 ， 证明了m7G-MeRIP-seq分析的可靠性 。

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总 结
本研究利用m7G-MeRIP-seq和lncRNA-seq技术首次分析了缺氧性肺动脉高压（HPH）的m7G修饰谱 ， 疾病组与对照组的m7G修饰模式存在显著差异 。 缺氧性肺动脉高压组中 ， m7G修饰还会影响RNA的表达 ， 与非m7G lncRNA相比 ，m7G lncRNA显著上调 。 重要的是 ， 这是第一次在HPH中发现上调的m7G lncXR_591973和m7G lncXR_592398 ， 这两种lncRNA均与缺氧性肺动脉高压病相关 ， 但它们的临床意义还需要进一步验证 。 本研究将有助于揭示m7G修饰在HPH发病机制中的潜在作用 。
二、缺氧条件下斑马鱼大脑中m1A、m5C、m6A和m7G的甲基化图谱

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发表期刊：BMC Genomics
发表日期：2022年2月8日
研究方法：m7G-MeRIP-seq、m5C-MeRIP-seq、m6A-MeRIP-seq、m1A-MeRIP-seq、RNA-Seq
样品类型：斑马鱼缺氧脑组织 vs 斑马鱼常氧脑组织
文章链接：Mapping the m1A, m5C, m6A and m7G methylation atlas in zebrafish brain under hypoxic conditions by MeRIP-seq
技术路线

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研究内容
1、缺氧条件下斑马鱼脑中m1A、m5C、m6A和m7G的甲基化丰度
为了研究斑马鱼大脑中的mRNA甲基化图谱以及揭示缺氧诱导后大脑mRNA甲基化修饰的改变 ， 分别采取经常氧或低氧处理的斑马鱼大脑进行RNA-Seq、m7G-MeRIP-seq、m5C-MeRIP-seq、m6A-MeRIP-seq、m1A-MeRIP-seq等检测 。 测序结果显示 ， m1A、m5C、m6A和m7G四种RNA甲基化修饰均广泛分布于斑马鱼脑的mRNA中 ， 其中m1A和m6A修饰水平相对较高 。 在缺氧条件下 ， m1A降低、m5C升高；而m6A和m7G变化不大 。 motif分析发现m1A和m7G mRNA峰都倾向于具有富含GA的基序 ， 但在缺氧和常氧条件下 ， m5C和m6A motif存在一些差异 。